В 1996–2005 гг. Трибунал являлся эффективным инструментом политического давления против самостоятельных политиков, особенно благодаря институту «закрытых обвинений». С момента Дейтона международные структуры неустанно стремились фрагментировать сербское руководство, искусно пользуясь любыми внутренними трениями и конфликтами.

Еще в 2000 г. по «закрытому» обвинению был арестован ближайший соратник Р. Караджича Момчило Краишник (в 1990–1992 гг. – председатель Скупщины БиГ, в 1992–1995 гг. – председатель Скупщины РС, в 1996–1998 гг. – член Президиума БиГ), в 2001 г. в Гаагу прибыла Б. Плавшич (президент РС в 1996–1998 гг.). В ходе процесса Б. Плавшич пошла на сделку с Трибуналом, признала вину в этнических чистках несербского населения и дала показания против М. Краишника. В 2005 г. экс-президента приговорили к 11 годам заключения, а в 2009 г. освободили. М. Краишник был осужден в 2006 г. на 20 лет тюремного заключения, но в 2013 г. его освободили за отбытием 2/3 срока заключения. Всего МТБЮ выдвинул обвинения против 161 чел., 80 из которых – боснийские сербы: от высших военных и политических руководителей (в Гааге оказались все лидеры СДП – Р. Караджич, М. Краишник, Б. Плавшич, генералитет армии РС – Р. Младич, М. Талич, С. Галич, Д. Милошевич, З. Толимир, М. Гверо, Р. Крстич) до муниципальных чиновников и рядовых солдат. Во всех этих делах Трибунал исходит из тезиса о «совместном преступном умысле» обвиняемых создать сербское государство в БиГ путем захвата территорий и изгнания и/или уничтожения несербского населения. Логика обвинения также строится на принципе командной ответственности, который позволяет возлагать на командиров и/или руководителей вину за преступления, совершенные их подчиненными. В Гааге оказался также ряд хорватских лидеров (руководители структур Херцег-Босны во главе с Ядранко Прличем и командиром отрядов Хорватского совета обороны Анте Росо), осужденных за преступления против бошняков в ходе конфликта 1993–1994 гг. в Средней Боснии. Менее всего в МТБЮ были представлены бошняки, в том числе экс-командующий армией БиГ генерал Расим Делич (осужден на 3 года, умер в тюрьме), генералы М. Алагич, С. Халилович, Э. Хаджихасанович и несколько лиц низшего звена. В 2008 г. возмущение в Сербии и РС вызвало оправдание Н. Орича, обвинявшегося в массовых убийствах сербского населения в районе Сребреницы и Братунца.

Политическое значение МТБЮ в БиГ основывалось как на формировании правовой базы возможного пересмотра Дейтонских соглашений, так и на самой возможности произвольного обвинения против любого лица, участвовавшего в гражданской войне. Также огромное значение имел сам процесс охоты на «обвиненных Гаагой». Главными его мишенями стали Р. Караджич и Р. Младич, розыски которых давали УВП и СФОР предлог снимать с должностей чиновников, полицейских и военных за «возможное содействие» беглецам, налагать санкции на фирмы и организации, заподозренные в их финансировании, ограничении прав и свобод их родных и знакомых. Свою действенность «охота» потеряла с арестом в Сербии Р. Караджича в 2008 г. и Р. Младича в 2011 г.

Свои должности вынуждены были покинуть президенты Караджич (1996 г.) и Никола Поплашен (1999 г.), под давлением П. Эшдауна ушел в отставку президент Мирко Шарович (2003 г.). Около 200 республиканских военных, полицейских, партийных функционеров, директоров государственных компаний были сняты с работы, их счета подверглись заморозке, им запретили выезд из БиГ.

Изначальная политическая система РС, созданная на основе СДП и тесно связанная с Сербией была разрушена к середине первого десятилетия ХХI в. Финансовые каналы, инфраструктура СМИ были полностью изменены, а сам центр республики переместился в Баня Луку, т. е. в совершенно другую социально-политическую среду по сравнению с Сараево и Пале. Фактически два поколения руководства СДП как республиканского, так и локального уровней подверглись политической маргинализации и были вытеснены из политической жизни.