Но Федор с рождения не отличался физическим здоровьем. Грозный понимал, что сыну будет нелегко управляться с царством, и в своем завещании указал создать в помощь Федору опекунский совет. В него вошли старые сподвижники Грозного: князья Мстиславский и Шуйский, а также бояре Никита Захарьин-Юрьев (Романов) и Богдан Бельский.

До недавнего времени считалось, что в опекунский совет входил и Борис Годунов (некоторые историки называли его даже главой совета), но ленинградский профессор Руслан Скрынников, крупнейший современный специалист по Смутному времени, разбирая источники, доказал, что на этот счет историки ошибались: опекунов было четверо.

Годунов и без того обладал большой властью, поскольку был шурином Федора, сумев выдать за него замуж свою сестру Ирину. Своим положением Годунов распоряжался умело и оказался причастным к самой натуральной высылке вдовствующей царицы Марии Нагой с сыном в Углич. Этот город Иван Грозный пожаловал царевичу Дмитрию в удел, но до поры до времени мать и сын жили в царском дворце Кремля. Годунов не желал мириться с присутствием Нагих. Болезненный Федор мог неожиданно умереть, трон будет свободен, и Годунов с большой вероятностью сможет занять его.

За неделю до коронации Федора Годунов уговорил его удалить царевича в Углич вместе со всеми Нагими. И хотя при этом соблюдали правила приличия, никто не сомневался в истинном смысле происходящего – то была ссылка.

31 мая 1584 года Федор был коронован. И сразу возвел Годунова в чин конюшего. От века это звание давали представителям только самых знатнейших фамилий, но Федор отошел от традиции – ввел своего шурина в круг управления государством.

Как же воспользовался Годунов своими высокими полномочиями? Хитроумнейшими интригами, иногда сам оказываясь на краю пропасти, он поначалу отстранил от участия в опекунском совете Богдана Бельского, отправив его в ссылку, затем постригли в монахи Ивана Мстиславского, а в конце апреля 1586 года умер престарелый Никита Романов. Из всей четверки опекунов оставался один Иван Шуйский, но вскоре настал и его черед: обвиненный вместе с братьями в заговоре против Годунова, он был сослан в Кинешму.

Таким образом, хотя на троне сидел царь Федор, государством фактически управлял Годунов. В его руках оказались все важнейшие правительственные должности. Забегая вперед, скажем, что в 1595 году, то есть еще при жизни Федора, Борис официально носил титул, который звучал напыщенно даже в условиях того времени, когда пышность в речах, как и в одеждах, не считалась признаком дурного тона: «царский шурин и правитель, слуга и конюший боярин, и дворовый воевода, и содержатель великих государств – царства Казанского и Астраханского».

Надо полагать, что государственных забот у Годунова было выше головы, однако он и за ними не забывал о сосланных в Углич Нагих и царевиче, потому что в скором времени туда был послан дьяк Михаил Битяговский с наказом ограничить их права и деятельность. Дьяк взял под свой контроль все сферы их жизни, в том числе и учет доходов, поступавших в угличскую казну.

При Битяговском и произошла трагедия. 15 мая 1591 года восьмилетний царевич Дмитрий оказался зарезанным средь бела дня возле своего терема. Через четыре дня из Москвы прибыла правительственная комиссия в составе князя Василия Шуйского, крутицкого митрополита Геласия, окольничего Андрея Клешни-на и дьяка Елизара Вылузгина. Было произведено расследование случившегося и составлено так называемое следственное дело, которое дошло до нас и является объектом постоянного внимания историков. Согласно этому делу, царевич умер от раны в горле, которую во время эпилептического припадка нанес себе при игре в «тычку».