В 1740 г. Лаптев вновь решил выйти в море. Поздно вскрывшаяся Хатанга позволила только 13 августа достигнуть ее устья. А дальше пошла та же картина: корабль вклинился в сплошные льды. Неожиданно наступившая ранняя зима усугубила тяжесть положения. Льдины, пришедшие в большое движение, подгоняемые ветром, с грохотом напирали и дробились об измятые бока корабля. В нескольких местах корабль оказался продавленным, его стало заливать. Не терявший ни на минуту присутствия духа, Лаптев отдал распоряжение заделать пробоины, а бока судна от новых ударов льдин оградить спущенными с борта бревнами. Не покладая рук работали люди на судне, делая тщетные попытки его спасти. Наутро стало ясно, что спасти корабль не удастся – воды прибывало больше, чем удавалось откачивать. Лаптев отдал распоряжение выгружать провизию и теплые вещи на лед. Судно все еще держалось на воде.
На следующий день путешественники сошли на лед и на третьи сутки, преодолевая неимоверные трудности, совершенно изнеможенные, достигли берега, находившегося в 15 милях к западу, доставив с собой часть захваченного продовольственного груза. Положение спасшихся было, однако, чрезвычайно тяжелое. Замерзавшие, выкинутые на отдаленный, лишенный жилья берег Хатанги, растерявшие по дороге большую часть провианта, моряки жаждали теперь только одного: согреться! Но средств развести костер не было никаких; ничего не оставалось другого, как выкопать в мерзлой земле ямы и согреться в общей куче сгрудившихся друг на друге тел. Становилось совершенно очевидным и для Лаптева, и для всех прочих, что зимовка при этих условиях на пустынных берегах ничего, кроме гибели всей партии, принести не может. Изнуренные трудами и тяжелыми переживаниями, отчаявшиеся в спасении, люди стали впадать в апатию, а некоторые даже побросали работу, говоря, что все равно всем придется скоро умирать, стоит ли работать? Но мужественный Лаптев сумел восстановить дисциплину и тем спас экспедицию от верной гибели.
Лаптев не только не терял присутствия духа, но и не забывал производить научные наблюдения. Из всех участников описных работ на северных берегах Азии им были доставлены, пожалуй, наиболее ценные сведения по общей географии края; он не забывал ни метеорологии, ни наблюдений над приливами, ни магнитного склонения, ни флоры, ни фауны, ни, наконец, населения. Что же касается точности его вычислений, равно как и Прончищева, то Врангель доказал, что при определении широт допущенные ими погрешности не превышали нескольких минут. Совершенно непростительным научным промахом является то, что обширные записки Харитона Лаптева не подверглись обработке и использованы лишь в самой незначительной степени.
Восстановив дисциплину и ободрив своих спутников, Лаптев объявил, чтобы к 25 сентября все здоровые были готовы выступить с ним в поход к месту их прежней зимовки. Но лед упорно преследовал изнуренных моряков. Пройдя половину пути, они наткнулись на довольно широкую реку, по которой быстрым течением несло лед. Переправиться на другую сторону не было никакой возможности, пришлось вернуться обратно и выжидать, когда наступят морозы. Лишь через месяц смогли вконец измотавшиеся моряки доплестись до места своего прежнего зимовья. Из больных, остававшихся некоторое время в лагере, четверо умерли, остальные же были доставлены на место зимовки в ноябре.
Итак, потерпев столько неудач при попытке обогнуть Таймырский полуостров с моря, моряки окончательно убедились, что задача эта, невыполнима. На целых полтораста лет попытка эта осталась неосуществленной.