С 28 июня немецкая авиация усилила воздушную разведку района Рижского залива и Моонзунда. Обнаружив сосредоточение кораблей на рейде Куйвасту и транспортов в порту Пярну, противник начал наносить по ним систематические удары авиацией и ставить в Моонзунде мины. У северного выхода из пролива Муху-Вяйн была обнаружена немецкая подводная лодка. Не сумев помешать переходу наших кораблей из Риги в архипелаг, противник стремился уничтожить их в самом Моонзунде. Корабли ОЛС и 1-й БПЛ стояли на рейде Куйвасту в ожидании проводки через пролив до 30 июня.

Однако глубина его была меньше осадки крейсера, кроме того, еще в 1917 г. на фарватере были затоплены линкор «Слава» и старые транспорты, чтобы преградить путь кайзеровскому флоту. Глубина пролива Муху-Вяйн – 6 м, а осадка Кирова – 6,91. Для углубления фарватера из Палдиски прибыл землечерпательный отряд. Трое суток непрерывно работали земснаряды, баржи и буксиры, углубляя канал до 7 м. В это же время моряки разгружали корабль, чтобы уменьшить осадку. На баржи выгрузили часть боезапаса, топлива, воды и другие грузы – всего 300 т, уменьшив осадку до 6,5 м.

30 июня БТЩ «Фугас» протралил северную часть канала пролива Муху-Вяйн, а утром 1 июля начал траление в проливе Хари-Курк, сюда же пришли из Таллина БТЩ «Шпиль», «Кнехт», БТЩ-216.

30 июня в 23.03 «Киров» (капитан 2-го ранга М.Г. Сухоруков) снялся с якоря и, ведомый двумя буксирами, с носа и с кормы, двинулся по фарватеру. В 13.40 1 июля крейсер подошел к поворотному бую, завершив проход через углубленный канал пролива Муху-Вяйн. В голову вступили БТЩ, шедшие в строю уступа. Крейсер отдал буксиры и пошел 14-уз. ходом (скорость отряда огранивалась скоростью тральщиков, идущих с тралами).

Сопровождавшие крейсер эсминцы «Грозящий», «Стойкий», «Сметливый» держались в охранении впереди и по сторонам крейсера. За «Кировым» в кильватерной колонне шли плавбазы «Смольный», «Иртыш» и подводные лодки М-81, С-8, «Калев», «Лембит», М-77, М-79. Ни один из кораблей, не исключая и тральщиков, не был размагничен. В 16.36 шедшая в кильватер плавбазе «Иртыш» подводная лодка М-81 подорвалась на магнитной мине и спустя две минуты затонула. Так корабли КБФ впервые столкнулись с магнитными минами.

Оставление Либавы, Вентспилса, Риги и Усть-Двинска вынудили наши части 29 июня уйти с южного берега Ирбенского пролива и взорвать при этом недавно установленные береговые батареи, ирбенская минно-артиллерийская позиция потеряла свое значение.

В тот же день, 29 июня, народный комиссар ВМФ приказал Военному совету флота острова Сарема и Хиума оборонять независимо от обстановки на сухопутном фронте. Он предлагал сосредоточить в районе архипелага четыре эскадренных миноносца, дивизион малых подводных лодок, два тральщика, отряд торпедных катеров и сторожевые катера ОВР, объединить эти силы под общим командованием и возложить на них оборону входа в Рижский залив. Действия кораблей по обороне должны были поддерживать авиация и береговая артиллерия. Этим приказанием нарком ставил КБФ задачу оборонять вход в Рижский залив и в случае отхода наших войск из Риги. Для успешного выполнения этой задачи необходимо было организовать военно-морскую базу в Моонзундском архипелаге.

После ухода ОЛС в Моонзунде были оставлены эсминцы «Сердитый», «Смелый» и «Энгельс». В период борьбы за Рижский залив количество эсминцев и сторожевых кораблей менялось.

2 июля в Моонзунде была организована Прибалтийская военно-морская база, командир контр-адмирал П.А. Трайнин. В нее вошли: Береговая оборона Балтийского района (БОБР), отряд торпедных катеров, вновь организованная Охрана водного района Моонзунда (ОВР) и военный порт Рохукюля. Командиру базы была также подчинена авиация, базировавшаяся на островах, и оперативно подчинена эскадрилья бомбардировщиков 73-го полка, находившаяся в Пярну. Корабли отряда легких сил, участвовавшие в обороне островов и Рижского залива, были оперативно подчинены командиру базы; подводные лодки – командиру бригады подводных лодок, который должен был копии приказаний лодкам сообщать командиру Прибалтийской базы.