Отец Павел родился 9 января 1882 года около местечка Евлах Елисаветпольской губернии (ныне Азербайджан), где его отец, инженер путей сообщения, Александр Иванович Флоренский, строил участок Закавказской железной дороги. «Место моего рождения, – писал отец Павел, – Евлах, где преизобилующая природными богатствами и обременительная избытком роскоши жизни степь стеснена двумя снеговыми горными группами. <…> В этой двойственности природы, меня воспитавшей, я склонен видеть наглядное выражение собственной моей двойственности, в которой север и юг через кровь, исторически самую молодую и самую древнюю, напряженно противостоят друг другу, не только не смешиваясь, но и, напротив, возбуждая друг друга к более крепкому самоопределению».

Дух передовой технической науки и изысканность древнего армянского рода равно должны были приспосабливаться к условиям кочевой жизни дикой степи. Вся семья жила в палатках, а затем – в товарных вагонах на месте будущей станции. Детство Павел Флоренский провел в Тифлисе и Батуме.

«Отчасти по недостаточной обеспеченности, отчасти по убеждению родителей семья жила очень замкнуто и серьезно: развлечения и гости были редким исключением, но зато в доме было много книг и журналов, на что урезывалось от необходимого. Уровень семьи был повышенно-культурный, с разносторонними интересами, причем предметом интересов были знания технические (отец), естественно-научные (дети) и исторические (отец, мать и отчасти все). <…>

Относительно моего интеллектуального развития правильный лишь формально ответ был бы совсем неверен по существу. Почти все, что приобрел я в интеллектуальном отношении, получено не от школы, а, скорее, вопреки ей. Много дал мне отец лично, но главным образом я учился у природы, куда старался выбраться, наскоро отделавшись от уроков. Тут я рисовал, фотографировал, занимался. Это были наблюдения характера геологического, метеорологического и т. д., но всегда на почве физики. Читал я и писал тоже нередко среди природы. Страсть к знанию поглощала все мое внимание и время. [Воспитанный в полной изоляции от представлений религиозных и даже от сказок, я смотрел на религию как на нечто вполне чуждое мне, а соответственные уроки в гимназии вызывали вражду и насмешку.] Я составил себе стенное расписание занятий по часам, причем время, назначенное классам и обязательному посещению богослужения, окружил траурной каймой как безнадежно пропавшее. <…>

В конце гимназического курса [летом 1899 года] я пережил духовный кризис, когда мне открылась ограниченность физического знания. В этом состоянии мною было воспринято воздействие Л. Толстого (которого ранее я игнорировал). В дальнейшем оно сказалось в стремлении понять общечеловеческое мирочувствие и мировоззрение как истинные безотносительно, в противоположность условным и имеющим преимущественно техническое значение истинам науки. Моя склонность к техническому применению физики была внедрена во мне моим отцом, но оформлена лишь тогда, когда наука перестала быть предметом веры. Далее из того же кризиса вышел интерес к религии»[6].

В 1900 году П. А. Флоренский поступил на физико-математический факультет Московского университета по отделению чистой математики. В университете наибольшее влияние на него оказали лекции профессора Н. В. Бугаева о прерывности. «Мои занятия математикой и физикой, – писал священник Павел Флоренский, – привели меня к признанию формальной возможности теоретических основ общечеловеческого религиозного миросозерцания (идея прерывности, теория функций, числа). Философски же и исторически я убедился, что говорить можно не о религиях, а о религии, что она есть неотъемлемая принадлежность человечества, хотя и принимает бесчисленные формы». На историко-филологическом факультете П. А. Флоренский слушал лекции профессоров С. Н. Трубецкого и Л. М. Лопатина и занимался в семинарах, руководимых ими. Кандидатское сочинение П. А. Флоренский писал на самостоятельно намеченную тему: «Об особенностях плоских кривых как местах нарушений прерывности». Это сочинение он предполагал сделать частью большой работы общефилософского характера «Прерывность как элемент мировоззрения». В 1904 году П. А. Флоренский окончил университет с дипломом I степени. Несмотря на предложение H. E. Жуковского и Л. К. Лахтина остаться в университете на кафедре математики, П. А. Флоренский 4 сентября 1904 года поступил в Московскую Духовную академию.