Любопытно, что Бекета и Плантагенета связывали не только государственные, но и по-настоящему дружеские отношения. Томас поддерживал Генриха во всех его начинаниях, рьяно исполняя его волю и разделяя политические убеждения. Они были практически неразлучны, устраивали шумные пиры – Бекет был не менее жизнерадостен, чем его друг. Казалось, что канцлер сочувствовал королю и в церковном вопросе. Генрих рассчитывал подчинить себе английскую церковь, лишить ее чрезмерных привилегий, заставить работать на государство и обогащать его.

В 1161 г. Теобальд умер, и Генрих II добился назначения на вакантное место Бекета. Перед монархом и его преданным другом открывалась широкая перспектива преобразований. Недаром церковники роптали по поводу нового назначения, поскольку Бекет до этого поддерживал инициативы короля в отношении религиозной реформы.

Но во взглядах бывшего канцлера произошла, судя по всему, непредвиденная и досадная для короля перемена. Теперь Бекет становится ревностным сторонником сохранения церковных позиций. Подчеркивая свой новый статус слуги Бога, Бекет накладывает на себя епитимьи, прибегает к показному аскетизму, кается в прошлых грехах. Между королем и архиепископом начинается противостояние. В январе 1164 г. Генрих II наносит серьезный удар по церкви. Поводом для этого послужило дело некоего священника, изнасиловавшего и убившего дочь одного джентльмена. Судить человека, имевшего духовный сан, мог только церковный (а не гражданский) суд, и он оправдал преступника. Король потребовал передать дело в обычный суд и изменить всю систему судопроизводства.

В январе 1164 г. в городе Кларендон Генеральный совет из представителей знати и духовенства под давлением короля принимает 16 пунктов соглашения между королем и церковью. В частности, один из важнейших пунктов этих соглашений предусматривал обязательное присутствие королевских юристов на церковных судах и немедленный перевод дел осужденных духовных лиц в гражданские суды. Папа Александр III категорически отказался признавать «Кларендонскую конституцию». С проповедями против нее выступал и Бекет, хотя и дал епископам указание подписать ее, вероятно, понимая, что папа все равно будет возражать.

Генрих решительно отстаивал свои реформы. Архиепископа Кентерберийского вызывали в суд, где обвиняли в хищениях, когда тот занимал пост канцлера. (Возможно, кстати, что так оно и было.) Бекета также обвиняли в государственной измене. В том же 1164 г. ему пришлось бежать во Францию, где он провел шесть лет. За границей Бекет пользовался всеобщим уважением.

Летом 1170 г. английский король короновал и своего сына Генриха. Обряд в нарушение традиций провел архиепископ Йоркский, а не Кентерберийский. Папа и Бекет использовали это как дополнительный повод давления на короля, понтифик угрожал королю наложением интердикта на Англию. 22 июля между Генрихом и Бекетом состоялись переговоры в нормандском городе Фретиваль. Генрих II отказывался от судебного расследования по делу Бекета и разрешал ему вернуться в Англию, тот, в свою очередь, обещал провести «правильную» коронацию Генриха младшего и не вести антиправительственной агитации. Архиепископ вернулся на родину зимой 1170 г.

Однако как только Томас Бекет вернулся в Кентерберийское аббатство, он нарушил свои обещания, предал анафеме многих соратников короля в деле борьбы с церковью, отстранил архиепископов Йорка, Лондона и Солсбери, приказал опубликовать папское послание, направленное против «Кларендонской конституции».