С мая 1923 г. Мария Александровна стала политической ссыльной. Жила и работала в Самарканде, но политической деятельностью не занималась. Написала книгу о Нерчинской каторге, которая была напечатана в журнале «Каторга и ссылка» и вышла отдельным изданием. В это время Спиридонова вновь почувствовала себя молодой и энергичной – в ее жизни наконец-то проявилась любовь. Она «обрела друга любимого и мужа». Илья Андреевич Майоров, бывший член ЦК левых эсеров, автор закона о социализации земли, был тоже сослан. Они жили дружно и старались не замечать постоянной слежки. Спиридонова знала, что о каждом ее слове, о каждой встрече становится известно в ЧК.

Доносы скапливались. В сентябре вновь арест, обвинение в связи с заграничными левоэсеровскими группировками и ссылка – теперь уже в Уфу. Здесь Спиридонова работала старшим инспектором кредитно-планового отдела Башкирской конторы Госбанка, крутилась по хозяйству, чтобы обеспечить сносную жизнь мужу, его сыну и престарелому отцу. А еще ухитрялась рассылать скромные посылки бедствующим друзьям, в прошлом своим единомышленникам.

В страшном 1937 г. Спиридонова полной мерой оценила, что значит государственный террор против своего народа, о котором она предупреждала еще в 1918 г. Теперь ей инкриминировали подготовку покушения на К. Е. Ворошилова и всех членов правительства Башкирии, руководство несуществующей «Всесоюзной контрреволюционной организацией», вредительство, разработку террористических актов против руководителей государства, включая И. В. Сталина. По «делу» проходил 31 человек. Многие не выдерживали пыток и давали ложные показания. «Сломался» и муж Спиридоновой.

«Проявите гуманность и убейте сразу», – требовала измученная болезнями женщина. Но следователи продолжали изощренно издеваться, требуя признаний. Допросы продолжались по два-три дня без перерыва, сесть не позволяли. Ноги Спиридоновой превратились в черно-лиловые бревна. Обнаружив, что побои ее страшат меньше, чем личные досмотры, обыскивали по десять раз в день. Нашли самое уязвимое место – еще с первого ареста она с трудом переносила прикосновение чужих рук к телу. Но надзирательница тщательно ощупывала ее полностью.

13 ноября 1937 г., после 9-месячного заключения Спиридонова написала открытое письмо в секретный отдел НКВД (в машинописной копии более 100 листов). Писала не для того, чтобы «увернуться от обуха». Она попыталась с какой-то исповедальной искренностью объяснить, что «дело эсеров» – не что иное, как сфабрикованный «фарс на тему “Укрощения строптивой”», что страдают абсолютно невинные люди, давно отошедшие от политической борьбы. Спиридонова дала понять, что никакие измывательства не заставят ее дать ложные показания. Своего следователя она называла «хорьком, смесью унтера Пришибеева с Хлестаковым, фашистом и белогвардейцем».

Мария Александровна ненавидела ложь и если бы чувствовала за собой вину, то откровенно бы призналась в этом, так как почти полностью признала политику Советской власти, новый государственный строй и сталинскую Конституцию 1936 г. «А между прочим, я больший друг Советской власти, чем десятки миллионов обывателей. И друг страстный и деятельный. Хотя и имеющий смелость иметь собственное мнение. Я считаю, что вы делаете лучше, чем сделала бы я». Спиридонова осталась все таким же идейным романтиком, каким была в 1906 г.

Столь откровенные признания не изменили ее судьбу. Мыслящие, убежденные люди пугали власть, были «врагами народа». Спиридонову приговорили к 25 годам тюремного заключения. Своего приговора полностью оглохшая женщина не расслышала. Отбывала срок она в орловской тюрьме. 11 сентября 1941 г. М. А. Спиридонова, ее муж И. А. Майоров и 155 узников по очередному обвинению в «злостной пораженческой и изменнической агитации» были расстреляны в Медведевском лесу. Фашистские войска приближались к Орлу, а чекисты аккуратно выкапывали деревья, сваливали в ямы тела и сверху вновь сажали деревья, восстанавливали дерн. Найти место ее захоронения не удалось до сих пор. Лес хранит покой террористки и жертвы террора Марии Спиридоновой. Она жила, боролась и умерла как борец за социальную идею, так и не осознав, что не все идеи требуют жертв.