В основу своей оригинальной философской системы Бердяев положил свободу. Он считал, что «весь мировой процесс есть здание темы о свободе, есть трагедия, связанная с выполнением этой темы». Трагедия происходит от того, что бремя свободы не каждому по силам. Эти мысли прозвучали в его первой книге «Субъективизм и индивидуализм в общественной философии», которая, едва выйдя из печати, сразу же принесла доселе неизвестному литератору почти всероссийскую славу.

Правда, сам философ-революционер в этот момент уже находился под гласным надзором полиции в Вологодской губернии, куда был выслан на три года по приговору суда. Как отмечали филеры местного охранного отделения, летом 1901 г. они видели его катающимся на велосипеде, читающим книги в городском саду или в Публичной библиотеке, провожающим «барыньку лет 19, шикарно одетую, с которой Бердяев все время ходил под руку». По окончании ссылки Николай поселился в Петербурге и в 1904 г. женился на Лидии Трушевой, дочери известного петербургского адвоката, прожившей с ним долгие годы в любви и согласии. По его собственному признанию, «Лидия была человеком необыкновенной духовности, перед смертью она приблизилась к святости».

В целом 1900-е гг. были бурными в жизни Николая Александровича: редактирование журнала «Новое время», работа в «Союзе освобождения», участие в петербургских религиозно-философских собраниях, литературных «средах» у Вяч. Иванова, где Бердяев был бессменным председателем. На этих «средах» собирался весь цвет русской литературы и философии Серебряного века – Ф. Сологуб, А. Блок, В. Брюсов, А. Белый, Л. Шестов, С. Франк.

1909 г. ознаменовался выходом в свет сборника статей о русской интеллигенции «Вехи» – книги, так или иначе взбудоражившей всех мыслящих людей в России. Достаточно сказать, что в результате четырех переизданий тираж сборника достиг 16 тыс. экземпляров. Огромному по тем временам тиражу соответствовало беспрецедентное количество откликов в периодической печати (250 заметок за год). В опровержение основных мыслей сборника публиковались заметки, статьи и даже целые книги, в том числе и далеких от философии авторов, которые нещадно критиковали Бердяева, Булгакова и Франка.

Кстати, Бердяев был знаком с С. Булгаковым еще по Киевскому университету. Именно Сергей Николаевич ввел его в кружок М.А. Новоселова, где проходили жаркие дебаты на религиозные темы. Вместе с новыми друзьями Николай побывал в Зосимовой Пустыни, у почитаемых старцев Германа и Алексея. Эта поездка оказалась в какой-то мере решающей для философа. Он вспоминал позже: «Во всяком случае, мне было ясно, что я не принадлежу к людям, которые отдают свою волю духовному руководству старцев. Мой путь был иной и, может быть, более трудный… я не мог смирить своего свободолюбия».

В эти годы Бердяев был тесно связан с Религиозно-философским обществом в Москве, где делал доклады и выступал оппонентом других философов. В начале 1910-х гг. он на некоторое время отошел от дел, связанных с религиозной и издательской деятельностью, всецело посвятив себя книге, которая по праву считается одной из вершин философской мысли России. Вышедший в 1916 г. труд назывался «Смысл творчества. Опыт оправдания человека». В нем автор утверждал, что человек является творением, созданным по образу и подобию Творца. И оправданием человеческой жизни, основным содержанием ее и путем к спасению является творчество: «Творчество… есть обнаружение избыточной любви человека к Богу, ответ человека на Божий зов, на Божье ожидание».