С 1944 года Бегин развернул активную деятельность. ЭЦЕЛь развязала жестокий террор против английских властей в Палестине. 12 февраля 1942 года в Иерусалиме, Тель-Авиве и Хайфе были взорваны английские иммиграционные офисы, препятствующие въезду евреев на историческую родину. А еще через две недели там же прогремели взрывы в офисах налоговых служб, в результате чего погибло шесть чиновников и два террориста. Спустя два месяца от рук боевиков ЭЦЕЛь погиб британский министр по делам Ближнего Востока. Оружие террористы добывали разбойными акциями, а деньги – грабежами: однажды они остановили поезд, который вез зарплату рабочим, а затем похитили бриллианты на 38 тысяч фунтов. В ноябре по распоряжению Бен-Гуриона была начата операция «Сезон», поставившая еврейскую общину на порог гражданской войны. Не началась она только благодаря вмешательству Бегина. Михаэль Бар-Зоар, автор биографии Бен-Гуриона, писал об этих событиях: «по всей стране захватывали членов ЭЦЕЛь, во главе которого стоял Менахем Бегин. Их отводили для допросов в кибуцы, били. Члены “Хаганы” сдавали их британской полиции. Эта кампания легко могла перерасти в братоубийственную войну. Этого не произошло потому, что Менахем Бегин обратился с призывом к членам Иргуна: “Вы не должны поднимать оружие на молодых евреев. Это наши братья. Их обманули”. Бен-Гурион выиграл сражение в борьбе за власть, хотя победа была горькой. Слепая ненависть разделила еврейскую общину».

1945 год стал для англичан сплошным кошмаром. Еврейские террористы нападали на британские военные гарнизоны, уничтожая людей и военную технику. Их не останавливали карательные меры правительства. 29 июня 1946 года англичане начали тотальную антитеррористическую акцию под кодовым названием «Агата». В ней были задействованы практически все силы, находившиеся на тот момент в Палестине: 80 тысяч военнослужащих и 20 тысяч полицейских охраняли от боевиков подмандатные территории. В стране был введен комендантский час. В результате акции были арестованы около трех тысяч человек и захвачены склады оружия. В ответ ЭЦЕЛь взорвала бомбу в южном крыле отеля «Король Давид» в Иерусалиме, в котором размещались несколько штабов британской администрации, военная полиция и отдел специальных расследований. Общее число жертв составило 100 человек, 46 получили ранения. Но только 28 человек из погибших оказались англичанами. Военные почти не пострадали, а жертвами стали евреи – рядовые служащие отеля. После трагедии подпольная радиостанция ЭЦЕЛь заявила, что сожалеет о гибели своих соотечественников, переложив вину за их смерть на английскую администрацию отеля, не предпринявшую никаких мер для спасения людей после полученного за 25 минут предупреждения о теракте. Британское правительство назначило за поимку Бегина десять тысяч фунтов стерлингов, и ему пришлось уйти в глубокое подполье. Полгода он жил в квартале йеменских евреев в лачуге без воды и электричества, а однажды безотлучно просидел трое суток в крошечной коморке на чердаке.

Со своей будущей женой Менахем познакомился еще в 1937 году в Дрогобыче. Очаровательной 17-летней Ализе он написал спустя два дня: «Я видел вас один раз, но мне кажется, что я знал вас всю жизнь». Их переписка и редкие встречи продолжались два года. В 1939 году они поженились. Бегин предупредил любимую, что их совместная жизнь не будет легкой: не всегда в семье будут деньги и достойное жилье, им предстоят долгие разлуки, ссылки и тюрьмы. Ализа ответила, что сможет выдержать любые испытания и останется верной ему и общим идеалам, и сдержала свои обещания. Она не только разделила нелегкую жизнь мужа, но и стала для него верным другом и соратником. В семье вначале родились две дочери – Хася и Лия, а в 1943 году на свет появился сын Беньямин Зеев – будущий министр науки и депутат израильского парламента от блока Ликуд.