Бегин сразу же показал себя как прекрасный агитатор и организатор. Он разъезжал по Польше, набирая в ряды новых членов. Он спал по пять-шесть часов в сутки, посвящая остальное время разработке стратегии организации и ее укрепления. С 1935 года Бегин стал секретарем «Бетара», в ряды которого входило более 70 тысяч человек. В мае 1939 года у английского посольства в Варшаве он руководил массовыми акциями протеста против ограничения эмиграции евреев в Палестину – в то время она являлась подмандатной территорией Англии. Тогда же Менахема арестовали, и он провел несколько месяцев в тюрьме.

Лидеру сионистского движения в Польше исполнилось всего 26 лет, когда началась Вторая мировая война. Он предложил польскому правительству создать еврейский легион для борьбы с фашистами, но руководство страны отказалось. Бегину пришлось бежать в Вильно (Вильнюс, Литва), но в сентябре 1940 года там его арестовали сотрудники НКВД. Он уходил в тюрьму в тщательно начищенных ботинках, костюме с галстуком, прихватив с собой самую дорогую реликвию – томик Танаха (Библии).

Менахем пробыл в заключении несколько месяцев. Несмотря на ночные пытки (например, 60-часовую бессонницу), он не подписал протокол со словами: «Признаю себя виновным в том, что был председателем “Бетара” в Польше». 1 июня 1941 года по решению особого совещания, как социально опасный элемент, был на восемь лет отправлен по этапу в Печорлаг. В лагере он вынес изнурительный труд, постоянные издевательства охраны и уголовников, голод, холод, болезни. Позднее бывший советский заключенный описал свои злоключения в книге «Белые ночи», раскрыв на ее страницах тему взаимоотношения евреев, занимающих разные ступени в тоталитарном государстве – от партийного функционера до тюремщика. В вильнюсской тюрьме его допрашивал следователь-еврей, как, впрочем, охранник и сокамерники, убежденный коммунист-переводчик тоже был евреем. (Кстати, Бегин был полиглотом и владел свободно девятью языками, но русский на тот момент знал плохо и давал показания на идиш и иврите.) Менахем не отсидел назначенный срок, так как через год попал под сталинскую амнистию вместе с другими польскими заключенными. В это время советское правительство стремилось создать на своей территории польскую армию под командованием генерала Андерса. Под крики уголовников: «Это же жид, а не поляк!» – Бегин без денег и документов вышел на свободу.

Менахем колесил по бескрайним просторам СССР, спал на вокзалах, часто «путешествовал» на крышах товарных вагонов, голодал. Он сам отыскал польскую армию и записался в ее ряды добровольцем. В 1942 году его воинская часть была отправлена в Палестину. Вскоре Бегин дезертировал и возобновил активную деятельность в «Бетаре» – возглавил его группу в Иерусалиме. В то время на территории Палестины существовало несколько еврейских организаций, боровшихся за создание независимого еврейского государства. Одни придерживались мирных методов борьбы, а другие, находясь в подполье, признавали только террор. К последним принадлежала подпольная милиция ЭЦЕЛь (Иргун Цваи Леуми), куда и вступил Бегин. Он активизировал работу организации, став в 1943 году ее командиром. ЭЦЕЛь выступала против британской администрации и боролась за свободный въезд на родину евреев-беженцев.

В это же время очевидцы рассказали Менахему о гибели его близких: «Маму фашисты вывели из больницы и расстреляли. Отца утопили в реке вместе с еще 500 евреями. Он шел во главе колонны пленных, и все они запели по его предложению “Ани маалит” (“Я верю в приход Машиаха”) и “Хатикву” – и пели, пока их не сбросили в реку». В одном из лагерей погиб и родной брат Менахема.