По бокам от Воскресенского собора расположены две церкви. С южной стороны – Афонская церковь, с северной – церковь Трёх Святителей.

Обе церкви одинаковы по внешнему виду. Они обе пятиглавые с шатровой одноярусной колокольней. Луковичные купола позолочены, шестигранный шатёр колокольни покрашен в зелёный цвет, его завершением является позолоченная луковичная главка с крестом. Фасад сверху завершают полукруглые закомары. Передний фасад изобилует арками. На каждой грани шатра прорезаны слуховые окна. В восточной части обеих церквей имеется алтарная апсида.

Афонская церковь была заложена в 1850 году и строилась по проекту Н.Е. Ефимова и Н.А. Сычёва. Она была освящена в 1854 году в присутствии дочери Николая I великой княжны Марии Николаевны.

Церковь Трёх Святителей была построена теми же архитекторами симметрично Афонской в больничном корпусе монастыря. Заложена она была также в 1850 году, а построена и освящена в 1855 году. Она особенно почиталась монахинями за находившуюся там икону Божией Матери «Благоухающий Цвет».

Обращает на себя особое внимание кирпичная Казанская церковь. Внешне она напоминает Софийский собор в Константинополе. Казанская церковь была заложена в 1908 году и строилась по проекту архитектора В.А. Косякова. Строительство было окончено в 1912 году, но освятить его не удалось, и некоторые росписи так и не были закончены.

Приземистый кирпичный пятиглавый двухэтажный храм считается лучшим образцом неовизантийского стиля.

Каждый купол храма расположен на низком барабане, опоясанном аркадой, создающей урезы на куполе. Купола были покрыты особой черепицей, как в Греции. (Историческое черепичное покрытие уничтожено при последней реставрации и заменено медным листом.) В каждой арке находится окно. Порталы, в которых располагаются входы, образованы массивными пилонами со сводами, украшенными резьбой. Завершением каждого портала является полуциркульная кровля с большим полукруглым окном.

Большие окна фасада также имеют полукруглую форму. В восточной части фасад завершают три апсиды, одну из которых венчает купол на барабане средней высоты. Барабан опоясывает такая же аркада, при этом окна в каждой арке имеют вытянутую форму. Верхнюю часть барабана декорирует живописная мозаика сине-голубых тонов.

Внутри трёхпрестольный храм отделан в русском стиле и выглядит весьма величественно. Росписи большей частью сохранились до наших дней. Центральный зал напоминает ротонду, окружённую колоннадой, образованной колоннами из красного мрамора, с позолоченными капителями. За пределами этой ротонды находятся два боковых нефа, заканчивающихся иконостасами боковых приделов. Таким образом, боковые иконостасы отделены от центрального стенами. Под каждым из малых куполов устроены хоры. Слева от алтаря, между колоннами, стоит рака с частью мощей святого Иллариона.

В 1904 году в монастыре были построены здания, в которых расположились трапезная, ризница, библиотека, больница и др. При монастыре стали работать детский приют, богадельня и церковно-приходская школа.

В 1925 году монастырь был закрыт, взорвана колокольня. Снесены были и две поминальные церкви на Новодевичьем кладбище.

Возрождение началось в 1990 году, когда церкви был возвращён храм иконы Казанской Божией Матери. С 1997 года при монастыре открыта богадельня для больных и престарелых. В 2001 году возвращен весь монастырский комплекс.

Каждому, кто уже успел познакомиться с архитектурными шедеврами XIX века в Петербурге, эти два здания у Сенатской площади, соединенные аркой покажутся знакомыми. И это не случайно. Ведь многие шедевры архитектуры эпохи ампира были созданы в Петербурге Карлом Ивановичем Росси, в том числе здания Сената и Синода – последняя крупная работа мастера.