Вернувшись в Новую Испанию вместе с овдовевшей матерью и второй женой Хуаной де Цунига (Каталина давно умерла), Кортес некоторое время не без успеха занимался земледелием. Это, однако, не могло удовлетворить деятельную натуру бывшего завоевателя и наместника.

В апреле 1535 г. Кортес снарядил новую экспедицию. Три корабля были отправлены на поиски жемчуга в Калифорнию в залив Лас-Пас, уже открытый до того организованной им же экспедицией во главе с Ортуньей Хименесом. Здесь Кортес составил первую карту восточного берега полуострова с заливом Лас-Пас и тремя прибрежными островами. Ему удалось проследить материковый берег Калифорнии до 29° с. ш., доказать его полуостровной характер, открыть о. Тибурон. Название полуострова также принадлежит Кортесу. Из-за жары он окрестил его «Калида форна» – «Жаркая печь».

В мае 1538 г. Кортес вернулся в Мехико и вскоре, видимо, из-за того, что последние его экспедиции не принесли золота и иных ценностей, а значит, и положение его пошатнулось, а также по ряду иных причин, когда-то грозный завоеватель вместе со старшим сыном Мартином уехал в Испанию. Король принял его с почестями, но удовлетворить ходатайство о денежной компенсации за последние экспедиции отказался. Прошло совсем немного времени, и героя мексиканского похода перестали замечать, а вскоре и вовсе забыли.

Пытаясь исправить положение, Кортес в 1541 г. успел принять участие в военном походе против Алжира, не принесшем ему, однако, никакого успеха. 2 декабря 1547 г. он умер в местечке Кастилехо-де-ла-Куэста близ Севильи. Спустя несколько лет прах Кортеса был перевезен в Мексику, ставшую его настоящей родиной. Через несколько столетий, во время мексиканской революции могилу завоевателя собирались осквернить, но приверженцы героя мексиканского похода успели спрятать его останки. Для этого, несомненно, были причины.

В отличие от Кесады, Кортес не стал национальным героем завоеванной им страны. Однако, кроме неисчислимых страданий индейцев и разрушения их культуры, Мексика обязана ему и некоторыми положительными начинаниями. Благодаря Кортесу здесь начали возделывать сахарный тростник, коноплю и лен. Наместник стремился укрепить положение Мексики на международной арене в качестве самостоятельного, не зависимого от Испании государства, чем вызвал недовольство короля и за что в конечном итоге поплатился.

Русский перевод описания похода Кортеса в Мексику, сделанный его участником Берналем Диасом, вышел в свет в 1924 г. под названием «Записки солдата Берналя Диаса».

С тех пор, как Дрейк привел безбожных англичан,

Развалинами стен твои чернеют скаты,

И, словно жемчугом, французские гранаты

Обвили камень твой рядами темных ран.

Ж. М. де Эредиа. «Мертвому городу»

К концу XVI в. эпоха Великих географических открытий заканчивается. Время легкой добычи постепенно уходит в небытие.

Звезда Испании почти закатилась. Ее последние мореплаватели-открыватели еще бороздили океанские воды и открыли ряд островных архипелагов, но прошли мимо Австралии. Они еще пытались организовать новые экспедиции, но открытия не приносили золота, а Испанию заботили другие проблемы. Еще немного – и ее морское владычество кончилось навеки: пришлось уступить место другим народам, лучше приспособившимся к новой обстановке.

На просторы океана вышли знаменитые пираты-открыватели, англичане Дрейк, Рэли и Дампир, грабящие испанские колонии, «золотые» и «серебряные» флотилии и много сделавшие для разгрома главного испанского оплота – «Непобедимой армады», что развязало руки английским морякам.