Была в Русской земле моровая язва, или черная смерть. Появилась в 1348 году и опустошала города и села до 1350 года и в следующие годы. В одном Китае вымерло 13 миллионов народа. Вымирали целые города, становились безлюдными целые области, а у нас в Киеве, Чернигове, Смоленске в Суздале уцелела одна треть населения. Умерли митрополит Феогност, два сына великого князя и сам Симеон Иванович, и многие шли в монастыри, а в Лавре преподобного не было священника, чтобы напутствовать к смерти таинствами. Братия желала видеть преподобного в священном сане, чтобы у своего игумена открывать совесть с покаянием, получать прощение и благословение и причащаться Таин Христовых и иметь упокоение в старости и погребение.
Волынский епископ Афанасий, замещающий путешествующего в Царь-град митрополита Алексия, в Переяславле-Залесском в Нагорном Борисоглебском монастыре в 1354 году поставил преподобного во иподиакона, затем во иеродиакона, а на другой день облек благодатью священства и поставил во игумена и, преподав правила апостольские и святоотеческое учение о спасении, как друг друга тяготы носить и исполнять закон Христов (Гал. 6, 2), отпустил с миром в свою обитель. С радостью братия встретила своего игумена, он же, преподав благословение, много молился со смирением и поучал братию. Сохранилось одно из поучений: «Внимайте себе, братия, всех молю, прежде имейте страх Божий и чистоту душевную и любовь нелицемерную; к сим же и страннолюбие и смирение с покорением, пост и молитву. Пища и питие в меру; чести и славы не любите, паче же всего бойтеся и поминайте час смертный и второе пришествие».
Число братии в обители стало увеличиваться и келлии умножаться. Все трудились, подражая апостолу Павлу, который день и ночь работал своими руками, чтоб не жить за чужой счет и не был никому в тягость, хотя как благовестник спасения имел на то полное право (см.: 2 Фес. 3, 8-10). Каждый из братий доставал пропитание трудами рук своих, и общежития не было. Была нужда во всем, и часто зажигали лишь березовые или сосновые лучины при чтении на утрени, преподобный поучал: люты скорби, но сладок Рай; болезненны труды, но вечная за них награда. Благодать Божия никому не дается без скорбей и искушений. Когда братия несколько дней голодали, то Господь, испытавши их веру и терпение, послал им утешение. В монастырские ворота въехали несколько повозок и привезли многое в изобилии на потребу. Ударили в било и в церкви отслужили благодарственный молебен Господу Богу, милующему и питающему рабов Своих, и потом сели насыщаться. Хлебы были очень теплые и удивительно вкусны, а благотворители были неведомы никому. И это часто потом повторялось. Как в древние времена, так и теперь Господь скор подать нам все потребное для жизни.