Измученный врагами, преподобный Галактион прожил всего два дня и на третий, 24 сентября 1612 года, с молитвою преставился ко Господу. В этот день и празднуется местно память святого. Благочестивые люди погребли тело преподобного в его же келлии. А Бог прославил своего угодника чудесами, и уединенная келлия преподобного Галактиона стала усердно посещаться. Часто вспоминали жители Вологды его святую жизнь и пророчества. И вот, сошедшись раз в большое собрание, они обратились к архиепископу с просьбой о построении храма на месте келлии преподобного. Они говорили: «Истинно Господь послал нам своего заступника и молитвенника; он постоянно вещал нам правду и великую любовь показал к нам. Он повелел нам воздвигнуть храм во имя нашей Заступницы, честного и славного Ее Знамения. Мы же не исполнили его завещания, оскорбили его!» Так тужили граждане вологодские: архиепископ Варлаам (1627–1645) повелел написать житие угодника, воздвигнуть храм в честь Знамения Божией Матери на месте келлии его и собрать братию. Так исполнилось пророчество преподобного Галактиона; при следующем архиепископе Маркелле (1645–1663) построен был соборный храм во имя Святого Духа. По имени соборного храма и монастырь стал называться Свято-Духовым.

Обильные чудеса истекали и истекают от раки мощей преподобного Галактиона: исцелялись те, кто пил воду из колодца, ископанным преподобным, получали облегчение и взявшие земли близ его гробницы.

Из многих чудес преподобного Галактиона приводим два.

Один бедный человек был расслаблен. Шесть лет болел он всем телом, так что не мог ни встать, ни сесть, ни даже повернуться. Его сын, не имея средств содержать больного, выстроил ему близ моста в Вологде небольшой шалаш, в котором расслабленный лежал и просил у приходящих милостыню. Однажды ночью больной увидел, что дверь его шалаша растворилась и неведомый голос сказал ему: «Ложись, расслабленный». Затем вскоре он сказал: «Расслабленный, встань». Больной почувствовал силу, поднялся на своем ложе и осенил себя крестным знамением. В третий раз услышал: «Расслабленный, встань и иди в обитель Пресвятой Богородицы и преподобного Галактиона, помолись там и расскажи верующим о милости Божией к тебе». С тех пор больной выздоровел.

Летом 1655 года в Вологодском крае шли проливные дожди, хлеб не созревал и убирать его было нельзя. Грозил голод. Народ вспомнил, как преподобный Галактион еще при жизни святой молитвой своей вместе с народом избавил страну от засухи. Поэтому все стали просить архиепископа Маркелла идти крестным ходом ко гробу преподобного и здесь молиться. Архиепископ согласился, и когда народ молился при гробе святого, небо прояснилось, заблистало солнце и настало ведро. В память этого чуда установлен крестный ход в монастырь. Он совершается в праздник обители, в день Святого Духа.

Днесь град Вологда тобою всемирне хвалится, возсиял бо еси пресветло яко солнце и чудесы твоими град и веси, преподобне Галактионе, озарил еси. И ныне молися Господеви избавитися душам нашим от прелести вражия и спастися граду нашему от поганскаго и всех противных наития, и испроси у Христа Бога любовию чтущим тя прегрешений прощение и просящим твоея помощи от всякия скорби избавление, и вопиющим к тебе: Бог наш с нами, прославивый угодника Своего, якоже благоволи.

Днесь град Вологда тобою хвалится, преподобне, возсиял еси пресветло, яко солнце, грады и веси чудесы твоими озаряя. И ныне, преподобномучениче Галактионе, Господеви молися стране нашей от нахождения сопротивных избавитися и у Христа Бога прегрешений наших оставление испроси, и от всякия скорби избавление подаждь любовию чтущим тя, и вопиющим верно: Бог наш с нами, прославивый угодника Своего, якоже благоволи.