Покойный, уже простреленный двумя пулями в лоб навылет, еще стоял некоторое время, опершись о сосну как бы своей силой, так что его велели сбросить в приготовленную яму. Но и там он сам обернулся лицом к небу, сложил крестом руки на персях и протянул ноги; потом и нашли его так лежащим в названном месте. В ту ночь, когда замучили покойного, великий трепет напал на нас и на всех мещан от этих дел, и, хотя ночь была ясная и не виделось облака даже в аршин величиной, молния была ужасная и разливалась по всему небу. И так лежал покойный, неведомо для нас, без погребения от 5 сентября до 1 мая, в течение восьми месяцев. Мы знали, что его уже нет на свете, но не ведали, где его тело, пока один мальчик, лет семи или восьми, не указал нам место, где оно было зарыто. Мы сперва желали увериться, подлинно ли это он или кто другой, потому что его могли оттуда тайно перевезти на другое место (земля, на котором лежало тело его, принадлежала иезуитам). Поэтому, дождавшись ночи, откопали его и, узнавши, что это подлинно он, немедленно перенесли его в другое место. При теле его не нашли ничего из вещей, кроме одной рубашки – и то изорванной – и одного сапога. На другой день с позволения полковника брестского перевезли игумена в монастырь Рождества Пречистой Богородицы, а несколько дней спустя (8 мая), совершив отпевание по чину церковному, похоронили его в склепике на правом клиросе в храме преподобного Симеона Столпника. Там и до сих пор тело его находится без нетления[17].

Знаки муки и смерти на теле его следующие: под пахами с обеих сторон кости голые, впрочем тела по местам немного осталось, но и то от огня очень почернело; во главе три отверстия: два близ уха с левой стороны, в величину ружейной пули, а третье – с правой стороны за ухом, гораздо больше, нежели первые два, лицо у него все почернело от пороха и крови, язык из рта несколько выпал и усох промеж зубов: думаем, что его похоронили еще живого и это сделалось с ним от великой тяготы смертной. Бог благодатью Своею да утвердит и нас в благочестии и да пошлет терпение ради имени его святого».

Преподобный Афанасий был местно признан святым весьма скоро после своей кончины, в 1658 году, 5 января. Иннокентий Гизель, архимандрит Киево-Печерский, с Иосифом Нелюбович-Тукальским (с 1664 г. митрополит Киевский) в письме к царю Алексею Михайловичу говорят, что тело Афанасия «откровенно бывши, и доселе, дивну Богу во святых Своих, в Бресте пребывает нетленно». В 1666 году в Бресте было составлено на польском языке житие, в котором Афанасий называется «святым и преподобномучеником». Мощи его покоились сначала в медной раке, но в 1816 году, 8 ноября, сгорели вместе с деревянной церковью святого Симеона Столпника; остались лишь обоженные частицы, которые в присутствии молящихся были уложены на оловянном блюде и помещены в Благовещенской церкви монастыря. В 1823 году для частиц мощей была устроена рака и они поставлены открыто для всенародного чествования. В 1824 году монастырь был упразднен, его церковь обращена в приходскую и святые мощи помещались в крепостном Николаевском соборе; по сооружении же в городе Симеоновского каменного собора в 1865 г. сюда были перенесены останки преподобного, где и пребывали.

Память святого Афанасия, как мученика за веру, на Юго-Западе Руси была настолько живуча и сильна, что не нуждалась ни в каких внешних уверениях и свидетельствах. Поэтому до нас не сохранилось записей его чудес вплоть до середины XIX века. Под 14 ноября 1856 года в местных записях отмечается следующее знамение Божие от мощей святого Афанасия. Помещик Владимирской губернии Николай Александрович Поливанов, возвращаясь из-за границы, должен был задержаться в Бресте вследствие тяжелой болезни десятилетнего сына Александра. Болезнь развивалась быстро и не оставалось никаких надежд на выздоровление отрока. Пригласив местного священника для напутствия сына Святыми Таинами, отец стал горько скорбеть, что здесь нет святыни, как в центре России, чтобы можно было прибегнуть к ней с горячей мольбой об исцелении ребенка. Священник ему сказал, что в Бресте имеется святыня – мощи преподобного Афанасия, и Поливанов стал просить привезти ковчег с мощами, отправить при больном молебствие и приложить его к ним. Благочестивое желание отца было исполнено, и как только ковчег с частицами мощей прикоснулся к Александру, страдания болящего тотчас же прекратились и он, вопреки ожиданиям врачей, вскоре совершенно выздоровел. 15 августа 1857 года благодарный отец прислал в Брест серебряную с позолотой раку весом тринадцать с половиной фунтов, в которую и были торжественно переложены мощи святого Афанасия.