Когда вошел настоятель, больной опять пришел в сознание. Отец Исаия с чувством глубокой любви и участия предложил ему воспользоваться советами и помощью врачей. Но больной, после стольких забот о нем, при отчаянном состоянии здоровья своего, к удивлению всех, отвечал, что он не желает теперь пособия от людей, прося отца настоятеля предоставить жизнь его Богу и Пресвятой Богородице, Истинным и Верным Врачам душ и телес. Нечего было делать, оставили старца в покое, уважая его терпение и удивляясь силе и крепости веры. Он же от дивного посещения исполнился неизреченной радости, и сия радость небесная продолжалась часа четыре. Потом старец успокоился, вошел в обыкновенное состояние, почувствовав облегчение от болезни; сила и крепость стали возвращаться к нему; встал он с постели, начал немного ходить по келлии и вечером, в девятом часу, подкрепился пищею, вкусил немного хлеба и белой квашеной капусты. С того же дня он опять стал понемногу предаваться духовным подвигам.

Еще в прежнее время о. Серафим, занимаясь однажды работами в лесу, при порубе дерева был придавлен им и от этого обстоятельства потерял свою природную прямоту и стройность, сделался согбенным. После нападения разбойников от побоев, ран и болезни согбенность еще больше увеличилась. С этого времени он начал ходить, подкрепляясь топориком, мотыгою или палкою. Так, эта согбенность, это уязвление в пяту, служили всю жизнь венцом победы великого подвижника над диаволом.

Со дня болезни старец Серафим провел в монастыре, не видя своей пустыни, около пяти месяцев. Когда здоровье возвратилось к нему, когда он почувствовал себя опять крепким к прохождению пустыннической жизни, то просил настоятеля Исаию снова отпустить его из монастыря в пустынь. Настоятель же, по внушению братии и сам, искренне жалея старца, упрашивал было его остаться навсегда в монастыре, представляя возможным повторение подобных крайне несчастных случаев. Отец Серафим отвечал, что ни во что вменяет такие нападения и готов, подражая святым мученикам, страдавшим за имя Господне, даже до смерти перенести всякие оскорбления, какие бы ни случились. Уступая христианской неустрашимости духа и любви к пустынножительству, о. Исаия благословил желание старца, и старец Серафим снова возвратился в свою пустынную келлию.

С новым поселением старца в пустыни диавол претерпел совершеннейшее поражение. Крестьяне, избившие старца, были найдены; они оказались крепостными людьми помещика Татищева, Ардатовского уезда, из села Кременок. Но о. Серафим не только простил их самих, но и упрашивал настоятеля обители не взыскивать с них, а затем такую же просьбу написал помещику. Все были до такой степени возмущены поступком этих крестьян, что казалось невозможным простить их, а о. Серафим настаивал на своем: «В противном случае, – говорил старец, – я оставлю Саровскую обитель и удалюсь в другое место». Строителю же, о. Исаии, своему духовнику, он говорил, что лучше его удалили бы из обители, нежели нанесли крестьянам какое-либо наказание. Отец Серафим предоставил отомщение Господу Богу. Гнев Божий действительно настиг этих крестьян: в непродолжительном времени пожар истребил жилища их. Тогда они пришли сами просить у о. Серафима, со слезами раскаяния, прощения и святых его молитв.

Старец о. Исаия очень почитал и любил о. Серафима, а также дорожил его беседами; поэтому он, когда был свеж, бодр и наслаждался здоровьем, нередко сам ходил в пустынь к о. Серафиму. В 1806 году Исаия, по старости лет и от трудов, понесенных для спасения себя и братии, сделался особенно слаб здоровьем и, по собственному прошению, уволился от обязанности и звания настоятеля. Жребий занять его место в обители, по общему желанию братии, пал на о. Серафима. Вот уже второй раз старец избирается на начальственные должности по монастырям, но и на этот раз, по своему смирению и из крайней любви к пустыни, он отказался от предлагаемой почести. Тогда голосом всей братии настоятелем избран был старец Нифонт, исполнявший до того времени послушание казначея.