Как уже было сказано, при царе Иоанне Грозном в середине XVI века в монастыре был выстроен новый каменный храм и новая звонница. Есть также упоминание в документах о том, что царь Иоанн подарил монастырю колокол. Еще два колокола были подарены монастырю в 1682 году царем Феодором Алексеевичем.

В 1688–1689 годах на вклады князя Ивана Борятинского была выстроена новая каменная шатровая колокольня. Князь подарил монастырю и колокол, по-видимому, достаточно большой, так как его литье производили прямо на монастырском дворе. Сюда же переместили колокола с разобранной в то время церкви преподобного Даниила Столпника. Общий вес колоколов на новой звоннице к началу XVIII века составил чуть менее пяти тонн. Как полагают исследователи, в этот ансамбль входили вкладные колокола князя Иоанна Калиты (XIV век) и царя Иоанна Грозного (XVI век). Самыми крупными в нем по размеру были колокола царя Феодора Алексеевича (XVII век) весом около 1000 кг и 500 кг. Меньший из них сохранился до наших дней и является пятым по весу в ансамбле Даниловских колоколов. Они были отлиты известным литейщиком Федором Моториным.

По указанию императора Петра I в 1701 и 1710 годах со многих церквей, в том числе и с Даниловской колокольни, были сняты колокола для литья пушек. Монастырь в эти годы лишился почти половины веса своих колоколов. Среди утраченных были, очевидно, упомянутые колокола – вклады Великого князя Иоанна Калиты и царя Иоанна Грозного.

В 1731–1732 годах над Святыми вратами монастыря на средства московского купца Михаила Косырева было выстроено нынешнее здание колокольни. На втором ярусе была устроена церковь преподобного Симеона Столпника. На новую колокольню перешли все монастырские колокола, а старую шатровую колокольню разобрали за ненадобностью. Таким образом, на новой надвратной звоннице стали располагаться все исторические колокола обители.

В 1795 году монастырская звонница пополняется колоколом весом более двух тонн. В нынешнем ансамбле он известен как «Будничный» колокол. В 1803 году был отлит новый – весом в пять тонн. В монастыре не хватало средств на такой крупный колокол, и был организован сбор пожертвований, который продолжался восемь месяцев.

На протяжении всего XIX века также продолжался подбор монастырского «звона»: некоторые колокола выходили из строя, на замену подбирались новые, ансамбль прибавлял численно и в весе. В середине XIX века в монастыре было восемь колоколов, а к концу века монастырь уже имел ансамбль из четырнадцати колоколов. Следует уточнить, что «подбор», или «звон», – это ансамбль колоколов, который долгое время кропотливо формируется; колокола в нем насколько возможно хорошо согласованы по звучанию, это уже не просто «набор» случайных колоколов. В 1890 году был поврежден пятитонный колокол, и из его металла с увеличением веса был отлит великолепный двенадцатитонный колокол-тяжеловес. В память о своем покойном муже дорогую переливку оплачивает купчиха Анастасия Захарова. Гигант был назван «Большим». Его не сразу решились подвесить на колокольню из-за ветхости здания. Семнадцать лет после отливки он находился не на колокольне, а на большом помосте за стеной монастыря. При звоне его язык раскачивали двое. Он явился самым крупным колоколом Даниловского ансамбля.

В 1906 году было принято решение усилить конструкцию колокольни для подвеса двух самых крупных колоколов. Но сделать это нужно было без перемены внешнего облика здания. Впервые за всю историю реставрационных работ в России использовали сложную металлическую конструкцию, которая позволяла перенести нагрузку от колоколов на нижний прочный ярус здания. Внешний вид колокольни после реконструкции не изменился.