Теперь дорога на Баку была открыта, и его правитель поспешил признать себя вассалом России. Однако Глазенап, как раньше сам Петр, вынужден был дожидаться прибытия флотилии. В это время произошло событие, которое оказалось для него роковым. Ветеран граф Гудович был снова назначен главнокомандующим Кавказской армией и сразу по прибытии в Георгиевск направил Глазенапу приказ ожидать в Дербенте приезда генерала Булгакова, которому было доверено продолжать экспедицию. Гудович в его возрасте был весьма капризен, заносчив и тщеславен до такой степени, что утерял все военные способности, которые были ранее ему присущи. Его обращение с Глазенапом, к которому он испытывал явную неприязнь, было резким и несправедливым. Однако последний добровольно пошел в подчинение Булгакову и с тех пор занимал второстепенное место в кампании, которую сам разработал и столь успешно начал. Боев фактически не было, поскольку и Баку, и Куба сдались без сопротивления. Посоветовав продолжить наступление на Эривань, но не найдя отклика, этот храбрый офицер ушел с передовой; правда, впоследствии он еще некоторое время находился в Георгиевске в качестве командира нижегородских драгун, но его военная карьера была уже на излете.

Все просчеты и недостатки нового главнокомандующего скоро стали очевидны. Положение вещей было таково, что человек, державший в своих руках бразды правления, должен был быть энергичным и решительным; однако Гудович уже не был ни тем ни другим. Перед ним стояло сразу несколько проблем. На северной линии и в Осетии свирепствовала чума, и там было недостаточно сил, чтобы локализовать ее. Осетины подняли восстание. Кабардинцы и племена, жившие за Курой, воспользовались возможностью, чтобы начать набеги на русские поселения, причем добирались почти до Ставрополя. В Закавказье царь Имеретии Соломон бросил вызов своим новым хозяевам. Хусейн Кули, хан Баку, который нашел себе убежище в Персии, вместе с грузинским царевичем Алексеем вторгся в Грузию со стороны Эревани. Персидская армия в 20 000 штыков двинулась на Шушу по призыву хана Ибрагима, но после смерти последнего от руки русских шекенский хан разорвал союзнический договор. В это же время вечно воинственные джаро-белоканы, которые в прошлом году совершили отчаянную, но безуспешную атаку на русский Форт-Александровский, снова подняли восстание. Когда дело дошло до реального столкновения, русские, как всегда, одержали победу. Генерал Небольсин только со своим полком и батальонами Карягина и Лисаневича (всего 1600 штыков) полностью разбил персов в Ханашинском ущелье; затем он направился на Нуху, столицу Шекена, и штурмом взял город. Таким образом, враг не добился успеха ни на одном направлении. Был восстановлен относительный мир. Восставшие ханы были свергнуты, а на их место назначены новые правители из местных. Русские военные историки жестко критиковали это решение; по их мнению, Гудович должен был бы превратить ханства в русские провинции. Однако теперь война с Турцией стала неизбежной, и Гудович, зная, что ему не стоит ждать подкрепления из европейской части России, из-за приближения Наполеона к Вильне, видимо, был вынужден поступить именно так ради умиротворения Персии. Теперь он мог заключить с ней перемирие.

В 1807 году началась война с Турцией, первыми плодами которой для России стало возвращение Анапы, которая в этот раз сдалась почти без сопротивления эскадрону адмирала Пустошкина. В течение следующих пяти лет, что Гудович оставался главнокомандующим, Россия хоть с трудом, но удерживала свои позиции. За ее границами одна неудача следовала за другой, а катастрофы не происходило только благодаря героизму офицеров и рядовых и крайней некомпетентности врага.