Федеральным законом от 12 января 1996 г. № 7-ФЗ «О некоммерческих организациях»[17] установлен специальный порядок государственной регистрации некоммерческих организаций. Кроме того, установлен специальный порядок государственной регистрации некоммерческих организаций соответствующих видов Федеральным законом от 26 сентября 1997 г. № 125-ФЗ «О свободе совести и о религиозных объединениях»[18], Федеральным законом от 19 мая 1995 г. № 82-ФЗ «Об общественных объединениях»[19], Федеральным законом от 11 июля 2001 г. № 95-ФЗ «О политических партиях»[20], Федеральным законом от 12 января 1996 г. № 10-ФЗ «О профессиональных союзах, их правах и гарантиях деятельности»[21], Законом РФ от 7 июля 1993 г. № 5340-1 «О торгово-промышленных палатах в Российской Федерации».[22]

На основании указанных законодательных актов в п. 1 Положения о Федеральной регистрационной службе, утв. Указом Президента РФ от 13 октября 2004 г. № 1315 «Вопросы Федеральной регистрационной службы» (в ред. Указов Президента РФ от 23 декабря 2005 г. № 1521 и от 2 мая 2006 г. № 450)[23], установлено, что федеральным органом исполнительной власти, осуществляющим функции в сфере регистрации некоммерческих организаций, в том числе отделений международных организаций и иностранных некоммерческих неправительственных организаций, общественных объединений, политических партий и религиозных организаций, является Росрегистрация.

Согласно подп. 4 п. 6 названного Положения Росрегистрация принимает в порядке, установленном законодательством Российской Федерации, решения о государственной регистрации некоммерческих организаций, в том числе отделений международных организаций и иностранных некоммерческих неправительственных организаций, общественных объединений, политических партий, торгово-промышленных палат, иных юридических лиц, о внесении казачьих обществ в государственный реестр казачьих обществ в Российской Федерации, а также о внесении сведений о филиалах и представительствах международных организаций, иностранных некоммерческих неправительственных организаций в реестр филиалов и представительств международных организаций и иностранных некоммерческих неправительственных организаций.

В подпункте 5 п. 6 Положения также предусмотрено, что Росрегистрация принимает в порядке, установленном законодательством Российской Федерации, решение о государственной регистрации религиозных организаций и представительств иностранных религиозных организаций.

Таким образом, решение о государственной регистрации некоммерческой организации (регистрация при создании; регистрация при реорганизации; регистрация изменений и дополнений в учредительные документы; регистрация ликвидации) принимает Росрегистрация или ее территориальный орган (т. е. уполномоченный орган), а непосредственно государственную регистрацию (внесение соответствующей записи в ЕГРЮЛ) осуществляет территориальный орган ФНС России (т. е. регистрирующий орган).

Соответственно, возникает неопределенность с тем, какой орган – уполномоченный или регистрирующий – имеет право обращаться в суд с иском о принудительной ликвидации некоммерческой организации.

Росрегистрация в п. 4.4 письма от 22 марта 2005 г. № 11/1-48-СМ «О некоторых вопросах, возникающих в практике деятельности территориальных органов Федеральной регистрационной службы»[24] доводило согласованную с налоговыми органами позицию, согласно которой Росрегистрация и ее территориальные органы вправе обращаться в суд с заявлением о ликвидации общественного объединения по основаниям, предусмотренным Федеральным законом «О государственной регистрации юридических лиц и индивидуальных предпринимателей».