На востоке архипелага – у жителей Молуккских и Малых Зондских островов заметна папуасская примесь. В джунглях Малакки и филиппинского острова Лусон живут пигмеи (рост мужчин 143–146 см) с темно-коричневой кожей и курчавыми волосами. Малаккских пигмеев называют семанги, филиппинских – негрито, маленькие негры, или аэта. Семангов, аэта и пигмеев Андаманских островов (расположенных к северу от Суматры) нередко всех вместе называют негритосами. Несмотря на внешнее сходство, они не родственны друг другу и, тем более, африканскими пигмеями.

Согласно генетическому анализу, первые люди появились в Юго-Восточной Азии около 60 тыс. лет назад.[123] Самой ископаемой ранней находке человека современного типа – 43 тыс. лет (Борнео, пещера Ниа). Ископаемые находки свидетельствуют, что архипелаг, тогда еще полуостров Сунда, сначала заселили австралоиды, сходные с австралийскими аборигенами и папуасами. Судя по анализу мтДНК, разные группы негритосов выделились из австралоидов около 50 тыс. лет назад.[124] 10 000 лет назад из Индокитая стали переселяться первые монголоиды. 6000 лет назад архипелаг начали заселять монголоиды австронезийцы, приплывшие с Тайваня. Сначала они заселили Филиппины, а 5000–4000 лет назад – Зондские острова и Малакку.

Языки большинства народов Малайского архипелага относятся к западной и центральной группам малайско-полинезийской ветви австронезийской семьи. На юге острова Хальмахера (Молукки) говорят на языках восточной группы, близкой языкам Океании. На юге Хальмахеры и на островах Тимор и Алор сохранились папуасские языки. Всего на островах Малайского архипелага живет более 380 этнических и племенных групп, каждая из которых имеет свой язык и обычаи.

Австронезийцы принесли с собой навыки выращивания риса, гончарного ремесла и мореплавания. Дальнейшее развитие народов архипелага шло неравномерно. Одни племена остались на уровне родового строя, а другие развивали торговлю, строили города и объединялись в государства. Под влиянием торговых контактов с Южной Индией на Суматре и Яве распространился индуизм и буддизм. В VII–XIII в. королевство Шривиджайя объединяло под своей властью восточную Суматру, западную Яву и Малаккский полуостров. Но больше известно яванское королевство Матарам (VIII – Х в.), от которого осталась Ступа Борободура, или храм тысячи Будд – самый большой буддийский памятник на Земле.

В XIV в. центр политической силы перешел к яванскому королевству Маджапахит. В Маджапахите было две главных религии – индуизм и буддизм, но постепенно все большее влияние приобретал ислам, занесенный арабскими купцами. К началу XV в. Малакка превратилась в центр ислама. Вскоре ислам появился на Яве. К началу XVI в. пал Маджапахит, и Ява целиком перешла под власть мусульманских султанов. Ислам распространился вплоть до Филиппин, но сохранил доисламские обряды и традиции.

В XVI в. в водах Малайского архипелага появились корабли португальцев. В 1511 г. португальцы захватили город Малакку, а через год обосновались на Молуккских островах. Затем пришли испанцы, завоевавшие к концу XVI в. большую часть Филиппин. В XVII в. голландцы вытеснила португальцев. Яванский город Джакарту они переименовали в Батавию и сделали столицей новых владений, получивших название Нидерландская Ост-Индия или Индонезия. В середине XVIII в. голландцы владели Явой, Молуккскими островами и портом Малакка, но всю Индонезию им удалось подчинить лишь к началу ХХ в. В XIX в. стала заметна роль англичан. Они приобрели остров Сингапур, затем – весь Малаккский полуостров, а позднее – Северный Борнео. Последними колонизаторами стали американцы: в конце XIX в. они отобрали у испанцев Филиппины. С середины ХХ в. началась деколонизация. В 1940-е гг. приобрели независимость Индонезия и Филиппины, в 1950-е – Малайзия и Сингапур, в 1970-е – Бруней, в 2002 г. Восточный Тимор.