Таким образом к власти в стране пришел генерал Наполеон, ставший теперь Первым консулом Французской республики, а фактически военным диктатором. А Мюрат в благодарность за столь активную помощь был назначен им главнокомандующим и инспектором Консульской гвардии. Но главная награда ждала его впереди: Наполеон скрепя сердце согласился отдать ему в жены свою любимую сестру Каролину. Отныне слава, как гусарский ментик, постоянно у Мюрата за плечом. Он принимает участие во всех наполеоновских военных кампаниях: командует кавалерией Резервной армии в Итальянском походе, участвует в переходе через Альпы и в судьбоносной битве при Маренго, одерживает ряд побед над австрийцами, возглавляя авангард армии, занимает Милан и Пьяченцу. Чины и звания сыпятся на зятя Наполеона, как из рога изобилия. В январе 1804 года он назначается на пост генерал-губернатора Парижа с окладом в 400 тысяч франков в год. А 19 мая, сразу же после провозглашения Наполеона императором французов, Мюрат в числе 18 французских генералов становится маршалом Франции, сенатором и кавалером Большого креста ордена Почетного легиона. В начале 1805 года Наполеон жалует ему звание Великого адмирала и принца Империи.

К тому времени Мюрат фактически являлся главнокомандующим многочисленной наполеоновской кавалерии – одного из главных подразделений Великой армии. В начале XIX века она претерпела значительные изменения, организационно и тактически разделившись на тяжелую и легкую. Первую составляли кирасиры и карабинеры, вторую – драгуны, конные егеря (конные стрелки) и гусары. Были созданы не только кавалерийские дивизии, но и целые корпуса. Такой большой и мощной кавалерией в Европе, кроме Франции, обладала только Российская империя. Правда, большую часть русской кавалерии составляла легкая конница, преимущественно казачья. Кавалерия Мюрата участвовала во всех крупных сражениях военных кампаний 1805-го, 1806-го и 1807 годов. Она действовала в авангарде главных сил наполеоновской армии против войск Австрии, Пруссии и России.

Но помимо участия в военных походах, в биографии знаменитого кавалериста есть немало и других эпизодов и историй, многие обстоятельства его причастности к которым до сих пор остаются не вполне ясными или загадочными. К ним, прежде всего, можно отнести роль Мюрата в раскрытии заговора Кадудаля и в деле об убийстве герцога Энгиенского.

Буквально через месяц после назначения на пост генерал-губернатора Парижа Мюрату пришлось участвовать в раскрытии заговора против первого консула. Главою его был известный приверженец монархии Бурбонов, харизматичный и мужественный Жорж Кадудаль. В феврале 1804 года он приехал в Париж с целью совершить покушение на Наполеона. Для осуществления задуманного ему понадобились связи и влиятельные люди в армейской среде. И такими людьми стали генералы Жан Шарль Пишегрю и Жан Виктор Моро. Бонапарт, осведомленный о существовании заговора против него, поручил расследование этого дела государственному советнику Пьеру Франсуа Реалю. И вскоре неутомимый и преданный ему чиновник сообщил, что Кадудаль уже находится в Париже, и указал его сообщников. Все они были схвачены, и покушение на Наполеона предотвращено. А затем заговорщики были преданы суду. Многие исследователи назвали его не иначе как судилище и пытались «выявить истину из клубка интриг и обильной лжи», которые его сопровождали. К их числу относится и автор книги «Главный соперник Наполеона. Великий генерал Моро» А. В. Зотов, который, усматривая провокационный характер этого дела, писал: «Любой разумный человек понимал, что заговор Кадудаля, Моро, Пишегрю и некоторых других никогда не был бы осуществлен, не будь он подготовлен или спровоцирован самой полицией». Был ли таким человеком столичный генерал-губернатор? Судя по его кипучей деятельности, вряд ли.