Женитьба Максимилиана на двоюродной сестре, дочери Карла V Марии, стала первым из серии брачных союзов, связавших австрийских и испанских Габсбургов. Брак по расчету неожиданно обернулся глубокой привязанностью, которую супруги сохранили до конца своих дней, их семейная жизнь была весьма счастливой. Как и его отец, Максимилиан II имел множество детей, из которых выжили девять, в том числе шестеро сыновей. Интересно, что ни один из них не имел законнорожденных отпрысков, что и привело к пресечению старшей мужской линии Габсбургов – прямых потомков Фридриха III.

Некоторое время после свадьбы Максимилиан жил в Испании. Строгий и довольно унылый придворный церемониал, чопорность испанских вельмож, слишком жаркий климат – все выводило его из себя. К тому же отношения с Филиппом, братом его жены Марии, у австрийского принца не сложились, ибо замкнутый и надменный Филипп был олицетворением испанской гордости, да и чрезмерная набожность кузена не слишком импонировала Максимилиану. Враждебность к Испании вылилась у Максимилиана в подчеркнутую «немецкость» его поведения и усилила его симпатии к протестантам.

В конце 1550-х годов эти симпатии привели к открытому конфликту между Фердинандом I и его сыном. Император, побуждаемый фанатичным Папой Павлом IV и Филиппом Испанским, требовал от Максимилиана торжественной клятвы верности католической церкви. С политической точки зрения Фердинанд был прав: курфюрсты никогда не избрали бы императором не католика. Поколебавшись, принц сдался и помирился не только с отцом, но и с Филиппом, к которому несколько лет спустя даже отправил на воспитание двух своих сыновей – Рудольфа и Эрнста. Однако внутренне Максимилиан, несомненно, продолжал симпатизировать учению Лютера и поддерживал довольно тесные связи со многими протестантскими князьями. Это, в свою очередь, было политически верным шагом, поскольку давало королю, а затем императору возможность быть олицетворением религиозного компромисса и мира. Подобная роль импонировала Максимилиану II еще и потому, что соответствовала его настроениям. Свое политическое кредо этот монарх-гуманист выразил так: «Религиозные споры, – писал он, – можно разрешить не силою меча, а лишь Божьим словом, христианским милосердием и справедливостью».

Это мнение разделяли немногие католики и протестанты. Задуманная императором реформа католической церкви, допускавшая браки священников и участие мирян в богослужении (то есть сближавшая католицизм с лютеранством), встретила ожесточенное сопротивление Рима и ультракатолической партии в самой империи. Кроме того, и протестанты уже не были едины, в их землях быстро разрастался конфликт между последователями Лютера и приверженцами более радикального женевского проповедника Жана Кальвина. Разные виды протестантизма получали все большее распространение в Чехии, Венгрии и даже в Австрии – сердце наследственных владений Габсбургов. Новая религиозная война могла вспыхнуть в любой момент, тем более что дурной пример в этом отношении подавала Франция, где с начала 1560-х годов то разгорались, то утихали столкновения между католиками и протестантами-гугенотами.

Император со своими терпимыми и гуманистическими взглядами оказался, с одной стороны, совершенно одинок, а с другой – недостаточно силен и политически изощрен, чтобы найти возможное решение сложнейшей задачи – долговременного сохранения единства и мира в империи. Осудив решение Папы отлучить от церкви английскую королеву Елизавету I (1570), а затем столь же резко отозвавшись о Варфоломеевской ночи – резне гугенотов в Париже в августе 1572 года, Максимилиан II окончательно испортил отношения с Римом. Призывы к сдержанности, с которыми он обращался к Филиппу, затеявшему войну с «еретиками» в Нидерландах, привели к новому австро-испанскому охлаждению. Делу не помогла даже женитьба Филиппа на одной из дочерей Максимилиана, Анне Австрийской, наконец-то подарившей испанскому королю наследника.