В том же году, вскоре после смерти короля Матиаша Корвина, Максимилиан вернул отобранную у Габсбургов Вену и другие австрийские земли. В 1490 году произошло еще одно важное событие. Вдовец заочно заключил брак с герцогиней Бретани Анной. Однако против выступил французский король Карл VIII, и через год этот брак был аннулирован. Анна отдала руку Карлу VIII, что только увеличило вражду Габсбургов и Франции. Вскоре между Германией и Францией вспыхнула война, которая закончилась миром, заключенным 23 мая 1493 года в Санлисе. Согласно договору, Максимилиан вернул себе утраченные бургундские земли. Год спустя он передал власть в Нидерландах сыну Филиппу и женился на Бьянке-Марии Сфорца – кузине миланского герцога Людовико Сфорцы. К женитьбе, вероятно, его склонило приданое Бьянки, которое составляло 400 тысяч дукатов наличными и 40 тысяч в драгоценностях. Брак не был удачным. Мария умерла бездетной в 1510 году.

После смерти отца в 1493-м Максимилиану отошло эрцгерцогство Австрия и полнота полномочий императора Священной Римской империи, хотя титул императора он получил только 4 февраля 1508 года, в соборе города Тренто. Чтобы укрепить позиции рода перед лицом Франции, в 1494-м Габсбург заключил союз с арагонским королем Фердинандом II и его женой Изабеллой Кастильской. Как уже было упомянуто, союз скрепил брак дочери Максимилиана Маргариты с сыном Фердинанда Хуаном, а также брак Филиппа с дочерью Фердинанда Хуаной. Австро-испанский союз долгие годы представлял для Франции серьезную угрозу. Одной из главных идей Максимилиана стали планы по завоеванию Константинополя. С этой целью он вступил в основанную в 1495 году Священную лигу, главной целью которой была защита Европы от турецкой угрозы. На юго-восточной границе Австрии Максимилиан возвел сеть укреплений. При этом император проводил и активную внутреннюю политику. В 1495 году на всеобщем рейхстаге Священной Римской империи в Вормсе он заявил о начале реформы налогообложения. Введение всеобщего налогообложения должно было принести средства для войны с Османской империей и Францией. На последующих рейхстагах вспыхивали острые споры, и в результате в 1505 году он был вынужден отказаться от нововведений. На это решение повлияли приграничные споры между Тиролем и Швабией, а также поражение Максимилиана в войне в Швейцарии, значительно ослабившее имперские позиции. В контексте предпринятых на территории империи реформ Максимилиан старался подавить мелкие распри, которые были способом решения споров не только между крупными аристократами, но и между мелкими рыцарями. Он провозгласил в стране «вечный мир».

Удачно складывались династические комбинации императора. Хотя Максимилиан не короновался в Риме, Папа в 1508 году позволил ему именоваться «избранным римско-германским императором». С тех пор до самого конца Священной Римской империи ни один ее монарх не был коронован по средневековому обряду главой католической церкви. В 1515-м в Вене состоялась двойная свадьба: Фердинанд, младший внук императора, был обручен с Анной Ягеллонкой, дочерью Владислава II, короля Венгрии и Чехии, а сын последнего Людовик пошел под венец с императорской внучкой Марией. Так породнились две самые могущественные на тот момент династии Центральной Европы. В скором времени оказалось, что и от этих браков выиграли исключительно Габсбурги. В 1526 году, после гибели двадцатилетнего Людовика Ягеллона в битве с турками при Мохаче (Венгрия), Фердинанд унаследовал чешскую и венгерскую короны, которые оставались у Габсбургов до 1918 года.