Главным вдохновителем тут оставался Гейтс, который стал членом попечительского совета Фонда. Он курировал его раннюю деятельность и с его подачи первые крупные вклады были сделаны в сферу глобального здравоохранения и медицины, сотрудничество в которой он пытался сделать законным полем межправительственных действий. Способствовал этому и перешедший на работу Фонд А. Флекснер. Как написал один из исследователей, «эта налоговая гавань использовалась для стратегического захвата сектора здравоохранения США», но не только США. Хотя Фонд действовал под маркой нейтралитета технических и научных оснований своих усилий, именно он в итоге и стал разрабатывать принципы, стратегию, практику в сфере здравоохранения в мировом масштабе, создавая соответствующие институты и систему знаний, что имело глубокие последствия для глобального здравоохранения и его управления[16].

В первую очередь это сказалось в сфере подготовки кадров. В самих США те колледжи, в которых продолжали изучать гомеопатию и другие «ненаучные дисциплины», были лишены финансирования, так что в итоге по гомеопатии был нанесён такой удар, что к 1930 г. в стране не осталось ни одного учебного заведения или больницы, в названии которых было бы слово «гомеопатический» (это при том, что сам Дж. Рокфеллер, названный позже «финансовым отцом медицины», вплоть до своей смерти в 97 лет так и лечился только гомеопатией). На поддержку и внедрение «научного медицинского образования» большие деньги были направлены в 21 государство мира.

Другое направление работы Фонда касалось сферы общественного здравоохранения. Надо отметить, что в США общественное здравоохранение родилось из системы морских госпиталей, объединившихся в 1870 г. в Морскую больничную службу, которая в 1912 г. была переименована в Службу общественного здравоохранения. Как раз вовремя для Рокфеллера, для которого данная деятельность во многом способствовала противодействию негативной рекламе, направленной против его нефтяной его монополии. Критика в СМИ достигла своей кульминации в 1914 г., когда на шахте Ладлоу в штате Колорадо, принадлежавшей подконтрольному Рокфеллеру угольному производителю, погибло два десятка шахтёров и членов их семей. Тогда рабочие, журналисты и общественники быстро связали филантропию Рокфеллера с интересами его бизнеса, оценив пожертвования, предлагаемые «воровскими баронами», как попытки заглушить волнения рабочих и противостоять политическому радикализму и другим угрозам в отношении крупных корпораций[17]. То есть подчёркивалось, что филантропия играла неоднозначную роль в борьбе за меры социальной защиты, так как вместо правительственных гарантий поощряла «добровольные» и благотворительные инициативы. Эту критику надо было заглушить, противопоставив ей активные действия.

Поскольку в ту эпоху наиболее остро стояла проблема различных «тропических» болезней, именно они и стали основным объектом внимания Фонда. Методы своей деятельности он отработал вначале на юге США в ходе борьбы против анкилостомоза (гельминтоза из группы нематодозов), который рассматривался как тропическое заболевание и считался одной из основных причин экономической «отсталости» южных штатов, которая отрицательно сказывалась на индустриализации и экономическом росте. Щедро субсидируемая рокфеллеровская санитарная комиссия по ликвидации анкилостомоза в 1910–1914 гг., действуя через церковные организации и сельскохозяйственные клубы, наводнила южные штаты целыми командами медиков, санитарных инспекторов и лаборантов для доставки противоглистных лекарств, распространения медицинского оборудования и даже для поощрения ношения обуви (на которой фонд тоже сделал хорошую прибыль). А тот факт, что гельминты не были основной причиной смертности населения, или что, наоборот, лечение болезни иногда приводило к смерти, казался несущественным.