Сопоставляя полученные данные с периодическими переписями податного населения (ревизскими сказками), удалось проследить родословную Юрия Гагарина по мужской линии до начала XVIII века. Сегодня она выглядит так: отец Алексей Иванович (род. в 1902 году), дед Иван Фёдорович (род. в 1858 году), прадед Фёдор Петрович (род. в 1832 году), прапрадед Пётр Аввакумович (род. в 1798 году), прапрапрадед Аввакум-Абакум Фёдорович (род. в 1771 году), прапрапрапрадед Фёдор Петрович (род. в 1740-е годы), прапрапрапрапрадед Пётр (род. в 1710-е годы).
Кроме того, доподлинно установлено, что изначально предки Гагарина по мужской линии, жившие в Конышеве, были крепостными крестьянами, принадлежавшими вотчине лейб-гвардии Семёновского полка капитана Александра Матвеевича Толстого. В 1821 году, после смерти барина, его наследник, генерал от инфантерии генерал-адъютант граф Александр Иванович Остерман-Толстой, за небольшой выкуп в 17,5 тысячи рублей освободил своих крестьян и перевел их в разряд вольных хлебопашцев. В 1850 году статус жителей Конышева снова изменился: они стали называться государственными крестьянами, водворенными на собственных землях.
Впервые фамилия Гагарин встречается в метрической книге за 1864 год. Носил ее дядя Ивана Фёдоровича – Яков Петрович Гагарин. Исследователи предполагают, что в таком случае «родоначальником» фамилии был Пётр Аввакумович. Поскольку никакого отношения крестьяне Конышева к князьям Гагариным не имели, то бытовая версия о ее происхождении должна быть отвергнута. Скорее всего, фамилия появилась от прозвища Гагара. В словарях можно найти разные толкования этого слова: «морская птица», «смуглый, черномазый человек», «хохотун, зубоскал», «неуклюжий, длинный». Однако доподлинно установить, что имели в виду авторы прозвища и почему оно закрепилось, дав через столетие фамилию будущему космонавту, не представляется возможным.
В начале XX века деревня Конышево была сравнительно большой, с населением 250 человек, и в ней продолжали проживать Гагарины, однако через пятьдесят лет их почти не осталось: в по хозяйственной книге 1950-х годов записано лишь одно хозяйство, которым владела Елизавета Алексеевна Гагарина, 1904 года рождения, четвероюродная сестра космонавта. В настоящее время Конышево всё еще числится на картах, находится оно в Курновском сельском поселении Антроповского района Костромской области, в нескольких километрах от районного центра.
Снова вернемся в село Клушино, где после женитьбы в 1884 году обосновался Иван Фёдорович Гагарин. Всего в его семье было восемь детей: Павел (род. в 1885 году), Николай (род. в 1887 году), Параскева (род. в 1889 году), Михаил (род. в 1891 году), Иван (род. в 1894 году), Дарья (род. в 1897 году), Савва (род. в 1899 году); Алексей Иванович, отец будущего космонавта, был младшим ребенком; он родился 14 марта [27 марта по новому стилю] 1902 года.
В записях о рождении детей глава семьи до 1897 года значится как отставной рядовой, а с 1899 года – как крестьянин. Однако крестьянский труд он чередовал с отхожим промыслом. Согласно рассказам клушинских старожилов, Иван Фёдорович был искусным плотником и столяром. Часто уходил на заработки, причем добирался до соседних губерний. Из одного такого похода он не вернулся. У Алексея Ивановича осталось в памяти, что последний раз он видел отца в 1914 году. По другим данным, дед космонавта пропал еще до 1910 года.