Ситуация в дзэн-буддизме поменялась радикальным образом в XVII столетии, с отказом от изящного и интеллектуализированного дзэн средневековья и созданием новых, жизнеспособных школ дзэнского учения. Гражданские войны закончились, и в стране воцарился великий мир сёгуната Токугава, что позволило дзэнским ученикам много путешествовать, изучать и вновь составлять узор из рассыпавшейся мозаики средневековых дзэнских практик. Возникло также, параллельно с движением за резюмирование сущности дзэнской практики для популярного применения, и течение, выступавшее за возобновление изучения классических китайских чаньских сочинений. Нередко в деятельности обоих принимали участие одни и те же наставники. Именно они, большинство которых по-прежнему избегали столь долго бывших средоточием упадка элитных монастырских институтов, преуспели в осуществлении дела великого возрождения дзэн-буддизма.

Процесс этот достиг апогея около середины XVIII столетия, после чего пошел на убыль. Одним из препятствий к дальнейшему развитию дзэн-буддизма явилась политика правительства, предпринявшего целый ряд мер, призванных резко ограничить подвижничество и влияние дзэн-буддизма. Все монастыри, мужские и женские, а также храмы, даже в самых удаленных провинциях, включались в иерархическую структуру, на вершине которой стоял один из центральных монастырей, в свою очередь находившийся под присмотром сёгуната.

Провинциальные храмы тоже напрямую подчинялись правительственной машине, являясь неким эквивалентом нынешних городских муниципалитетов и гражданских контор. В ведении многих местных храмов находилось также начальное образование, но программа сводилась преимущественно к трактовке неоконфуцианства, причем в утвержденной властями редакции. Мирянам запретили проповедовать учение Будды, даже в том случае, если их компетентность признавалась церковными кругами. Каждая буддийская школа должна была представить на утверждение властей основные положения своего учения, после провозглашения которых догматами уже запрещались всяческие нововведения.

Утагава Куниёси. Окадзима Ясуэмон Цунэтацу, защищающийся с помощью деревянного каркаса от жаровни. XIX в.

Буддизм всегда считался таящим угрозу для государства, если только не был частью механизма осуществления власти последнего. Попытки сёгуната Токугава заранее загнать дзэн в узкие рамки и ограничить его возможности имели место еще в XVII столетии, когда возрождение дзэн только начиналось. Но потом был найден определенный «компромисс» – и явная внешняя угроза для дзэн сменилась в XVIII веке привязыванием его к статичным формам.

Согласно дзэнской литературе по практикованию, характерными симптомами привязывания к формам являются очарованность вторичными феноменами и неспособность пробиться к подлинному творческому началу. Это рассматривается как привычка сознания, обычно функционирующая как на индивидуальном, так и на коллективном уровне человеческой истории, которую необходимо заново преодолевать каждому поколению. Когда после многократных попыток лишить адептов, поколение за поколением, вдохновения и загнать их в круг предписанных и ограниченных догм и систем, дзэн-буддизм стал запутанным, сложным и неестественным, он вновь оказался формализованным. Официальный дзэн являл собой жалкую пародию на изначальное гибкое дзэнское учение, инициировавшее возрождение дзэн-буддизма в XVII столетии.

В середине XIX века, с падением третьего сёгуната, восстановлением императорской власти и окончанием полной самоизоляции Японии, продолжавшейся все позднее средневековье, дзэн-буддизм подвергся новому давлению. В самой Японии на буддизм, как на иноземную религию, нападали официальные синтоистские круги, под руководством императора. Антииностранную и антибуддийскую политику идеологически оформляли представители крайнего ксенофобского академического движения «Кокугаку», «Патриотическое учение», возникшего еще в предыдущем столетии и пользовавшегося теперь большой популярностью. Многие буддийские храмы были конфискованы и превращены в синтоистские святилища.