До 1941 года японский флот предполагал придерживаться оборонительной стратегии. Армия наступает на юг и занимает Филиппины и Голландскую Ост-Индию, так называемый Район южных ресурсов, а флот выжидает в районе Маршалловых островов появления американцев. Там после предварительных ударов базовой авиации и атак подводных лодок ослабленному противнику навязывается генеральное сражение.

Возможная война с Соединенными Штатами давно изучалась в японском Морском генеральном штабе. Перед ним стояли 2 альтернативы. Либо помочь армии наступать на юг и ожидать американской контратаки (возможно, при поддержке англичан), желательно в отечественных водах, либо нанести внезапный удар Тихоокеанскому флоту США. Сторонники первого варианта напоминали об успешном сражении в Цусимском проливе во время Русско-японской войны. Из того, что японцы знали о плане «Рэйнбоу-5», было ясно, что американский флот сначала попытается захватить Маршалловы острова, чтобы создать там передовые базы. После этого будут атакованы Каролинские и Марианские острова. Если американцы будут действовать таким образом, раннего сражения в отечественных водах не произойдет. Вместо этого война станет затяжной, и промышленная мощь США скажет свое решающее слово. Так как японские моряки боялись затяжной войны сильнее чумы, они склонились в пользу решительной внезапной атаки, если удастся гарантировать успех.

Японская стратегия на первую фазу Восточно-Азиатской войны была выработана. Сначала Япония должна была освоить ресурсы расширившейся империи, потом создать соответствующие вооруженные силы и обеспечить их всем необходимым. После этого создавался оборонительный периметр, который прикрывал империю от ответного удара. Для Ямамото исключительно важным было уничтожить американский флот в самом начале, чтобы у флота не возникло проблем с обеспечением продвижения армии на юг. Он твердо верил, что Япония может выиграть только короткую войну. Оглушительная первая победа, которая приведет к разброду и упадку Соединенные Штаты, стоящие перед лицом войны на двух океанах. Затем следовало подписать мирный договор, который закрепит за Японией новые территории. Именно поэтому Ямамото настаивал на внезапной атаке Пёрл-Харбора. (Однако он настаивал, чтобы атака последовала через 30 минут после формального объявления войны.) Если Япония намерена выиграть войну, флот должен превратить этот удар в решающую битву, в которой будет уничтожена американская морская мощь на Тихом океане. Это было решение азартного игрока, однако игрок надеялся поднять свои шансы смелым планом и новой тактикой.

Ямамото должен был спланировать операцию, которая обеспечит успех при минимуме риска. Стандартная военно-морская доктрина тех времен утверждала, что флот не может действовать на расстоянии 2000 миль от своей базы. (Маршалловы острова, хотя они и не были главной базой, тоже находились дальше.) Флот теряет 10 процентов боевой эффективности на каждую тысячу миль от своей базы. Но это были доктрины линейных флотов эпохи Первой мировой войны. В операции Ямамото удар наносили не орудия линкоров, а авианосные самолеты, вооруженные бомбами и торпедами и прикрытые истребителями. Его оперативное соединение должны были сопровождать танкеры, и пополнение запасов топлива планировалось проводить в море.

Эффективность атаки торпедоносцев против кораблей, стоящих на якорях в гавани, была проверена японцами в ходе военных игр в апреле – мае 1940 года. Как обычно в таких играх были жаркие споры вокруг решений посредников. Но контр-адмирал Сигэру Фукудомэ, командующий морской авиацией и начальник штаба Ямамото, решил, что такая игра завершается решительной победой, так как неподвижные корабли не имеют шансов уклониться от торпед. Адмирал Ямамото также решил, что массированная атака торпедоносцев будет успешной, если удастся добиться внезапности. Когда 12 ноября 1940 года британский флот действительно провел такую атаку против итальянских кораблей в гавани Таранто, это подтвердило правильность выводов, сделанных японцами, во время игр. 21 самолет потопил 3 итальянских линкора, причем были сбиты всего 2 самолета.