С годами царь стал полагать, что укрепление его державной власти усилило и власть его приближенных, которые «начали в самовольство» приходить. Своих ближайших сподвижников – Адашева и Сильвестра – царь обвинил в том, что они сами всем распоряжаются, а его «водят, как юнака, под руки». Расхождение мнений выявил вопрос о направленности дальнейших действий во внешней политике. Иван Грозный хотел вести войну за выход России к Балтийскому морю, а члены его «рады» хотели дальнейшее продвижение на юго-восток.

В 1558 году началась, как и задумывал Иван Грозный, Ливонская война. Она должна была подтвердить правоту царя, но успехи первых лет войны сменились поражениями.

Смерть в 1560 году жены Анастасии и наговоры ее родственников заставили царя заподозрить своих бывших сподвижников в злом умысле и отравлении царицы. Адашев умер в момент готовящейся над ним расправы. Протопоп Сильвестр по приказу Грозного был пострижен и сослан в Соловецкий монастырь.

«Избранная рада» прекратила свое существование. Начался второй период правления Грозного, когда он стал править абсолютно самодержавно, не слушая ничьих советов.

В 1563 году русские войска овладели Полоцком, в то время крупной литовской крепостью. Царь был горд этой победой, одержанной уже после разрыва с «Избранной радой». Однако уже в 1564 году Россия потерпела серьезные поражения. Царь стал искать «виноватых», начались массовые опалы и казни.

В 1564 году доверенный и ближайший друг Ивана Грозного, член «Избранной рады» князь Андрей Курбский тайно, ночью, оставив жену и девятилетнего сына, ушел к литовцам. Мало того, что он изменил царю, – Курбский предал родину, став во главе литовских отрядов в войне с собственным народом. Стараясь изобразить себя пострадавшим, Курбский написал царю письмо, оправдывая свою измену «смятением горести сердечной» и обвиняя Ивана в «мучительстве».

Между царем и Курбским завязалась переписка. В письмах оба обвиняли и упрекали друг друга. Царь обвинял Курбского в измене и оправдывал жестокость своих действий интересами государства. Курбский оправдывался тем, что был вынужден бежать ради спасения собственной жизни.

Чтобы покончить с недовольными боярами, царь решился на демонстративную «обиду». Вместе с семьей он в декабре 1564 года покинул Москву, как бы отрекаясь от престола, и выехал в Александровскую слободу. Народ, придя в смятение, потребовал от бояр и высшего духовенства умолить царя вернуться. Грозный принял депутацию и согласился вернуться, но на определенных условиях. Их он изложил, приехав в столицу в феврале 1565 года. По сути, это было требование предоставить ему диктаторские полномочия, чтобы царь мог по своему усмотрению казнить и миловать изменников, забирать их имущество. Специальным указом царь провозгласил учреждение опричнины (название происходит от древнерусского слова опричь – «кроме»).

Иван Грозный (такое прозвище было присвоено Ивану IV народом) потребовал в свое распоряжение земельные владения, составленные из конфискованных земель его политических недругов, и вновь перераспределил среди тех, кто был предан царю. Каждый опричник приносил клятву на верность царю и обязывался не общаться с «земскими».

Земли, не попадающие под перераспределение, именовались «земщиной», на них самодержец не претендовал. «Земщина» управлялась боярской думой, располагала войском, судебной системой и другими административными учреждениями. Но реальной властью обладали опричники, выполнявшие функции государственной полиции. Под перераспределение земель попали около 20 городов и несколько волостей.