В 1885 году вместе с Анной Хорст, ставшей его женой, Чемберлен переселился в Дрезден, где прожил четыре года. С этого времени Чемберлен стал настоящим немцем, писал и говорил только по-немецки.

В 1889 году семья переехала в Вену и прожила там десять лет. Наконец в 1909 году Чемберлен вернулся в Байрёйт, где прожил до самой смерти, последовавшей в 1927 году.

В 1905 году он развелся со своей прусской женой, которую боготворил всю жизнь. Анне исполнилось тогда шестьдесят; умственное и физическое состояние ее было намного хуже, чем состояние мужа. Расставание с женой Чемберлен пережил так болезненно, что, по его словам, чуть не сошел с ума. Спустя три года он женился на Еве Вагнер и поселился недалеко от «Ванфрида», чтобы быть ближе к матери своей жены, достопочтенной Козиме.

Будучи натурой сверхчувствительной и неврастеничной, склонной к частым срывам, Чемберлен утверждал, что иногда ему являются «демоны», которые, как он считал, подталкивают его к постоянному поиску новых сфер деятельности и побуждают к написанию новых работ. Одно видение сменялось другим, что заставляло Чемберлена бросать занятия биологией и переключаться на ботанику, изящные искусства, музыку, философию, историю, браться за написание автобиографии.

Однажды в 1896 году, когда Чемберлен возвращался из Италии, демонические силы так подействовали на него, что он сошел с поезда в Гардоне, заперся в гостинице и восемь дней не выходил из номера. Он забросил работу над музыкальным сочинением, которым в тот момент занимался, и с присущей ему страстностью приступил к исследованиям в области биологии, пока не выяснил суть взволновавшей его проблемы, которая стала главной во всех его последующих работах: связь расы с историей.

Чемберлен обладал разносторонними познаниями в литературе, музыке, биологии, ботанике, религии, истории и политике. Как отмечалось, во всех опубликованных работах Чемберлена прослеживается некое глубинное единство, их характеризует исключительная целостность. Сам Чемберлен считал, что к написанию книг, посвященных исследованию творчества Вагнера, Гёте, Канта, вопросам христианства и расовым проблемам его побуждают демоны, по сути же, они создавались в состоянии настоящего транса и опьянения, вызванного переутомлением. Как отмечает Чемберлен в автобиографии «Жизненные пути», он зачастую не признавал эти работы своими, поскольку они превосходили его ожидания.

Впоследствии более уравновешенные по сравнению с Чемберленом исследователи опровергли его расовую теорию и большую часть исторических трудов, считая идеи Чемберлена обыкновенным шарлатанством. Однако, по мнению биографа Гитлера, немецкого антифашиста Конрада Хайдена, который сожалел о воздействии расовой теории Чемберлена на массы, последний являл собой пример «одного из наиболее удивительных дарований в истории немецкого мировоззрения, кладезь знаний и серьезных мыслей».

Произведением, которое оказало наиболее сильное влияние на мировоззрение немцев, привело Вильгельма II буквально в восторг и позволило нацистам сформулировать свои расовые взгляды, стали «Основы девятнадцатого века». Эту работу, насчитывающую примерно 1200 страниц, Чемберлен, вновь оказавшись во власти «демонов», написал в Вене за полтора года и опубликовал в 1899 году.

Как и Гобино, работы которого Чемберлен высоко ценил, он пришел к выводу, что ключом к пониманию истории, а по существу основой цивилизации, является расовый подход. Для объяснения сути XIX века, то есть современного мира, прежде всего требовалось установить, что было заимствовано из древности. Чемберлен утверждал, что заимствованы были три следующих явления: греческая философия и искусство, римское право и личность Иисуса Христа. Наследовали это достояние евреи, германцы («две чистые расы») и полукровки романского происхождения, жившие в районе Средиземноморья, которых Чемберлен называл «пародией на людей». Одни лишь германцы были достойны этого прекрасного наследия. Правда, в историю они вошли с некоторым опозданием, только в XIII веке. Но в предыдущую эпоху, разбив Римскую империю, они доказали свою значимость.