Стало очевидно, что бывший армейский капеллан, несмотря на близость к Гитлеру, не сумел объединить протестантские церкви, и в конце 1935 года, когда гестапо арестовало семьсот пасторов «исповедальной церкви», он подал в отставку и сошел со сцены. Уже в июле 1935 года Гитлер назначил своего друга нацистского юриста Ганса Керрля министром по делам церкви, поручив ему предпринять еще одну попытку объединить протестантов. Сначала Керрль, являвшийся одним из умеренных нацистов, добился значительного успеха. Ему удалось не только склонить на свою сторону консервативное духовенство, составлявшее большинство, но и учредить комитет церквей во главе с почтенным доктором Цёльнером, пользовавшимся авторитетом во всех фракциях, для выработки общей платформы. Но группа Нимёллера, не отказываясь сотрудничать с комитетом, продолжала считать себя единственной законной церковью. В мае 1936 года, когда она подала Гитлеру меморандум, выдержанный в вежливом, но решительном тоне, протестуя против антихристианских тенденций нового режима, осуждая его антисемитизм и требуя прекратить вмешательство государства в дела церкви, министр внутренних дел Фрик ответил жестокими репрессиями. Сотни пасторов «исповедальной церкви» были арестованы, а д-ра Вейсслера, одного из подписавших меморандум, убили в концентрационном лагере Заксенхаузен. Кассу «исповедальной церкви» конфисковали, сбор пожертвований запретили.

12 февраля 1937 года д-р Цёльнер ушел с поста председателя комитета церквей (гестапо запретило ему посетить Любек, где находились в заключении девять протестантских пасторов), пожаловавшись на препятствия, чинимые министром по делам церкви. Д-р Керрль ответил ему в речи, произнесенной на следующий день перед группой покорных священников. Он в свою очередь обвинил Цёльнера в неспособности по достоинству оценить нацистскую теорию «расы крови и земли» и ясно продемонстрировал враждебное отношение правительства как к протестантской, так и к католической церкви.

«Партия, – сказал Керрль, – стоит на платформе позитивного христианства, а позитивное христианство есть национал-социализм… Национал-социализм есть волеизъявление Бога… Воля Божия воплотилась в немецкой крови… Доктор Цёльнер и граф Гален, католический епископ Мюнстера, попытались внушить мне, что христианство подразумевает веру в Христа как в сына Божьего. Мне стало смешно… Нет, христианство не зависит от апостольского вероучения… Истинным олицетворением христианства является партия, а партия, и в первую очередь фюрер, призывает немецкий народ поддерживать истинное христианство… Фюрер – выразитель новой божественной, воли».

1 июля 1937 года д-ра Нимёллера арестовали и заключили в берлинскую тюрьму Моабит. 27 июня он, как всегда, читал в переполненной далемской церкви членам своей конгрегации проповедь, ставшую для него последней в Третьем Рейхе. Словно предчувствуя, что с ним произойдет, он сказал: «Мы не больше древних апостолов помышляем о применении силы для спасения от руки властей. И не больше их готовы молчать по приказу человека, когда сам Господь повелевает нам говорить. Ибо нашим долгом было и остается исполнение воли Бога, а не человека».

2 марта 1938 года, после восьми месяцев пребывания в тюрьме, его судили в «специальном суде», учрежденном нацистами для государственных преступников; по главному пункту обвинения («тайная подрывная деятельность против государства») суд оправдал его, однако признал виновным в «злоупотреблении кафедрой» и в сборе пожертвований в здании церкви, за что наложил на него штраф в размере двух тысяч марок и приговорил к семи месяцам тюремного заключения. Поскольку Нимёллер и без того уже отсидел больше положенного срока, суд постановил освободить его, но при выходе из зала суда он был схвачен гестапо, заключен под стражу и отправлен в концентрационный лагерь Заксенхаузен. Оттуда его переправили в лагерь Дахау, где он пробыл семь лет, пока его не освободили союзные войска.