Опыт Первой мировой войны сложно было отнести к успешным опытам применения международного уголовного права, но он всё же привел к новым взглядам на саму проблему борьбы с военными преступниками. Идея о том, что руководители должны быть наказаны за политику, которая привела к преступным действиям, стала частью послевоенной дискуссии. Юристы разделили проблему на две части: 1) преступления против военнослужащих противоположной стороны и 2) преступления против гражданского населения. Также прозвучали и призывы рассматривать саму войну как преступление. Всё больше склонялись к концепции международного суда в противовес правосудию со стороны победителей.

Вторая мировая война дала толчок для новой юридической дискуссии, сделав снова актуальными вопросы о военных преступлениях. И каждая страна, в том числе, конечно, и СССР, в период между 1939 и 1945 годами официально требовала наказания для тех, кто совершил военные преступления.

Весной 1942 года, под руководством прокурора Андрея Вышинского была создана специальная комиссия, целью которой была международно-правовая оценка перспектив взыскания репараций за нанесенный СССР ущерб. В ноябре того же года под руководством Николая Шверника и Вышинского была создана советская «Чрезвычайная государственная комиссия по установлению и расследованию злодеяний немецко-фашистских захватчиков». К 1944 году в республиках и областях СССР были созданы 19 местных комиссий.

В 1943 году прошёл Краснодарский процесс «над пособниками немецких оккупантов», а в ходе Харьковского процесса власти СССР осудили и казнили трёх немецких офицеров. Процессы получили широкое освещение как в советской, так и в иностранной прессе. В тот же период, 19 октября 1942 года, в газете «Правда» вышла статья с жёсткой критикой британского правительства, которое не подвергло судебному преследованию заместителя фюрера Рудольфа Гесса, находившимся к тому моменту в руках британских властей более года.

С постепенным осознанием властями стран Антигитлеровской коалиции скорого окончания боевых действий, проблема наказания преступников становилась всё более актуальной, становился понятен и масштаб проблемы. Заметно сильнее, чем в годы Первой мировой войны, стало и убеждение, что лидеры страны-противника сформировали преступный режим, что военные преступления являлись частью преднамеренной политики и что нацистские руководители являются теми, кто нёс наибольшую ответственность и заслуживал наиболее сурового наказания. Утвердилась уверенность, что национал-социалисты спланировали войну и осуществили свой замысел вопреки существовавшим договорам и гарантиям. Начавшееся в конце войны освобождение концентрационных лагерей привело к пониманию размера будущей проблемы ответственности за «политическую систему убийств». Зверства, совершенные в Польше, Югославии, Норвегии, Голландии, Бельгии и, особенно в СССР превосходили всё, что было известно в самые мрачные и самые зверские эпохи человечества.

В январе 1942 года представители девяти оккупированных стран Европы – Бельгии, Чехословакии, Греции, Люксембурга, Нидерландов, Норвегии, Польши, Югославии и Франции – провели в Лондоне конференцию, где рассмотрели вопросы наказания за военные преступления. 13 января была опубликована совместная декларация. Привлечение к ответственности не только тех, кто непосредственно совершал преступления, но и тех, кто их организовывал, стало частью этой декларации.

Первый проект международного органа, нацеленного на фактическое расследование военных преступлений, был представлен американским министром Гарри Гопкинсом в июне 1942 года. 20 октября 1943 года в Лондоне из представителей семнадцати государств была создана «Комиссия ООН по военным преступлениям», начавшая сбор и сопоставление информации о военных преступлениях и их участниках.