Проводилась также доработка системы запуска двигателя, повышавшая надежность работы в жару, и регулировка ограничений температуры газов за турбиной для увеличения тяги.

Направление МиГ-23 в ВВС 40-й армии организовывалось по сложившейся в истребительной авиации схеме: чтобы не оголять полностью аэродром базирования, принимавший эстафету полк на год командировал две сборные эскадрильи, комплектовавшиеся наиболее опытными летчиками, обычно не ниже 1-го и 2-го классов (правда, и здесь бывало по-всякому – организация иной раз происходила с чисто военной внезапностью, и на войну случалось отправиться даже только что выпущенному из училища первогодку). Одна эскадрилья оставалась дома, и находившиеся в ней молодые летчики продолжали заниматься боевой учебой, набираясь опыта. По очевидным причинам на это время полк с боевого дежурства снимался. Находившийся в Афганистане полк, однако же, доводился до штатной трехэскадрильной структуры. Дополнявшая полк до штатного состава третья эскадрилья, также на МиГ-23, привлекалась из другой части, находившейся подчас за много километров и в составе другого объединения, и прикомандировывалась к основному составу, причем по истечении годичного срока ее сменяла эскадрилья оттуда же. Такая организация преследовала отнюдь не обеспечение принятой полковой структуры, но определялась условиями базирования: в Афганистане имелось всего три аэродрома, пригодных к базированию боевых самолетов – Баграм, Шинданд и Кандагар (и без того занятый международный аэропорт Кабула использовался лишь периодически), и на каждом из них размещалось по одной эскадрилье.

Дислокация истребительной авиации на авиабазах обеспечивала не только равномерное распределение сил для контроля за окружающей территорией, но и прикрытие ДРА с угрожаемых направлений: истребители Баграма обеспечивали ПВО со стороны Пакистана, Кандагара – с юга страны, и Шинданда – вдоль иранской границы. С этой целью в соответствии с Приказом Минобороны от 1982 года № 00140 и совместным Приказом Главкомов ПВО и ВВС от 1983 года № 08/01 на афганских аэродромах было организовано боевое дежурство. На каждом из трех аэродромов выделялось звено истребителей, в котором один летчик находился во 2-й готовности, оставаясь рядом с самолетом в пятиминутной готовности к вылету, второй – в 3-й готовности, и еще двое – в тридцатиминутной. Обычно два самолета из дежурного звена несли вооружение для перехвата воздушных целей, а два других – для атаки наземных объектов на случай экстренного вылета по вызову на поддержку своих войск.

При необходимости осуществлялся маневр силами между аэродромами, и в нужном месте при проведении операции сосредотачивалось необходимое количество машин. Основной базой истребительной авиации служила хорошо оборудованная и обустроенная Баграмская авиабаза, наиболее близкая к штабу ВВС и руководству 40-й армии в Кабуле, откуда осуществлялось руководство и координация. В Баграме находились управление полка и ТЭЧ, куда для выполнения регламентных работ и ремонтов пригонялись истребители из Шинданда и Кандагара. Организация работы требовала слаженности не только разведывательного и оперативного отделов штаба; не менее хлопотным становилось обеспечение боеготовности ИАС даже в отношении планирования, ведь необходимые по регламенту и достаточно объемные 100– и 200-часовые работы на полусотне истребителей, требовавшиеся для обеспечения их надежной эксплуатации, при крайне высокой интенсивности работы требовалось производить уже через пару месяцев службы на новом месте!