Расправа над Филиппом означала гораздо большее, нежели просто устранение неугодного иерарха. Право “вступаться” и “советовать”, за которое упорно держался митрополит, издревле принадлежало иерархам православной церкви на Руси. Одна из главных светских обязанностей митрополита заключалась в “печаловании” царю, указании власти на “неправедность” ее действий. Обычай, который в те времена был важнее писаного закона, запрещал князю не прислушиваться к митрополичьему “печалованию”, которое таким образом служило важным инструментом политической адвокатуры и обратной связи великого князя с его подданными. Устранение Филиппа, сопровождавшееся почти полным “перебором” церковных иерархов, положило конец этой практике. Царь освободился еще от одного важного и эффективного механизма, ограничивавшего его произвол. С этого времени церковная организация на Руси стала приобретать характер служилого сословия, жестко контролировавшегося верховной властью. Смирение церкви покупалось отчасти и “пряником” – взятые в опричнину монастыри (московский – Симонов, ярославский – Спасский) получали существенные льготы и привилегии.

Наконец, последний и самый кровопролитный удар опричного террора был нанесен по городам Северо-Западной Руси. Формально карательный поход был предпринят на Новгород. Новгородцам было выдвинуто обвинение в “изменном деле”, будто бы они хотели “Новгород и Псков отдать литовскому королю, а царя и великого князя Ивана Васильевича всея Руси хотели злым умышленьем извести, а на государство посадить князя Владимира Андреевича”. Но в декабре 1569 г. по дороге на Новгород опричное войско устроило резню в Клину, Торжке, Твери и Вышнем Волочке, против которых никаких обвинений не выдвигалось вовсе. Второго января 1570 г. передовой опричный полк подошел к Новгороду и блокировал его “учиниша великия сторожи и крепкия заставы… кабы ни един человек из града не убежал”. Шестого января в город въехал сам царь, и начался пятинедельный погром и грабеж.

В советской исторической литературе, пытавшейся представить опричнину борьбой царя-централизатора с непокорным боярством, масштабы и значение новгородского погрома всячески преуменьшались. Считалось, что во время новгородского “похода” погибло около 3 тыс. человек. Цифру эту следует увеличить на порядок. Новгородское предание и опричник из немцев Генрих Штаден также называют цифру 2770 убитых, но только в первый день по приезде Грозного. Далее во время только одной акции “Малюта отделал 1490 человек ручным усечением, ис пищали отделано 15 человек”. По всей видимости, в Новгороде погибло от рук опричников до 40 тыс. человек. Город был обескровлен и разграблен. Опричный немец Штаден не без бахвальства отмечал в своих воспоминаниях: “Когда я выехал с великим князем, у меня была одна лошадь, вернулся же я с 49-ю, из них 22 были запряжены в сани, полные всякого добра”. Чтобы оценить по достоинству это известие, надо принять в расчет, что опричное войско, двинувшееся в декабре из Москвы на север, насчитывало 15 тыс. всадников, а Штаден не занимал в этом войске никаких руководящих постов.

Вслед за Новгородом погром был учинен опричниками в Нарве, Ивангороде и Пскове. Но во Пскове убийства продолжались недолго, прежде всего потому, что бить было уже некого: несколько сотен видных псковских горожан за несколько месяцев до того были выселены из города, отправлены на переселение и при встрече перебиты опричниками в Торжке и Твери. По возвращении летом 1570 г. на Чистых прудах в Москве царь устроил показательную казнь 120 “изменников”, в их числе многих видных дьяков московских приказов. “Новгородский поход” Грозного навсегда подорвал силы тех “торговых мужиков”, которые, вольно чувствуя себя в традиционно вечевых волостях, могли бы содействовать установлению в Московском государстве представительного правления по литовскому или английскому образцу. А образец этот им был хорошо известен. Первые торговые переговоры с Англией от имени Московского государства вели в 1556 г. именно “торговые мужики” – двинские “богатеи” Фофан Макаров и Михаил Косицын. Они же вместе с вологжанином Осипом Непеем отправились в Англию в качестве московских “гостей” – торгового посольства.