Несмотря на резкие протесты России и сохранявшуюся безучастность некоторых европейских союзников, короткая, но интенсивная воздушная кампания НАТО против сил, поддерживаемых Сербией, привела к прекращению военных действий. Далее, в конце 1995 года, последовала мирная конференция в Дейтоне (штат Огайо), символически отразившая центральную роль Америки в урегулировании кризиса. Однако резолюция конференции не ознаменовала конец насилия, которое вскоре вспыхнуло вновь – на этот раз в Косово, части бывшей Югославии, населенной в основном албанцами. Сербская политика этнических чисток, направленная против албанского большинства в Косово и рассчитанная на упрочение национальной консолидации Сербии, снова вызвала массовые убийства гражданского населения и изгнание людей с мест их постоянного проживания.

На этот раз Соединенные Штаты действовали более решительно, и госсекретарь Олбрайт приняла на себя ведущую роль, выступая от имени правительства Соединенных Штатов. Она активно использовала политический момент, созданный расширением НАТО, для формирования политической коалиции, поставившей Сербию перед четким выбором: либо уйти из Косово, либо быть из него изгнанной. При единой позиции Америки и Европы длительные бомбардировки нанесли серьезный ущерб инфраструктуре Сербии (включая ее столицу), пока экспедиционный корпус НАТО формировался в Албании и Греции, готовясь к решающим наземным операциям.

Россия, резко возражавшая против этой акции, в последнюю минуту пыталась принять участие в урегулировании конфликта и направила небольшое военное подразделение в аэропорт столицы Косово Приштину, возможно надеясь сохранить часть территории Косово для Сербии или создать в Косово отдельную чисто российскую зону оккупации. Но благодаря политической решимости НАТО из этой попытки ничего не вышло. Политика расширения и усиления Атлантического сообщества, таким образом, подтвердила свою эффективность, и заключительная фаза югославского кризиса разрешилась к середине 1999 года на условиях Запада и под американским руководством. Сербия была вынуждена оставить Косово.

Решение Клинтона послать в Боснию войска вопреки резолюции, внесенной в Конгресс республиканцами, а затем снова применить силу, чтобы вынудить Сербию уйти из Косово, имело ключевое значение для стабилизации в бывшей Югославии. Оно также упрочило успешное американо-европейское сотрудничество в проведении совместных операций по обеспечению безопасности. В 2004 году, после ухода Клинтона с поста президента, возглавляемые Америкой Вооруженные силы НАТО в Боснии были преобразованы в европейские силы, что свидетельствовало об укреплении трансатлантических связей.

Но на фоне напряженности, уже возникшей из-за расширения НАТО, политика Клинтона в отношении самой России была осложнена вследствие югославского кризиса. Как и его предшественник, Клинтон придавал очень большое значение своим личным отношениям с Ельциным, которого он горячо одобрял и превозносил публично как убежденного демократа. Принимая во внимание политическую неразбериху в России, затяжной спад ее экономики и ее финансовый кризис, имело смысл поддерживать лидера, который открыто отрекся от имперского прошлого России и декларировал свою приверженность демократии. К тому же экономическая и финансовая помощь стала компенсацией России за унизительную потерю власти над Центральной Европой.

Клинтон и его главные советники по России считали полное и всестороннее примирение между Америкой и Россией своей главной стратегической целью. Но жестокий финансовый кризис 1998 года обнажил внутренний конфликт между беззастенчиво самообогащающимися экономическими реформаторами (и их различными американскими партнерами) и возмущенным этим российским населением, резко обнищавшим из-за затянувшегося финансового потрясения. Попытка Международного валютного фонда, управляемого Соединенными Штатами, помочь России преодолеть крах ее финансовой структуры в основном свелась к бегству западных инвесторов и спекулянтов. Все это вызвало серьезный сдвиг в психологии и сознании русского народа в сторону самодостаточного экономического национализма и привело к дискредитации ельцинского режима.