Одновременно с проведением переговоров в Москве Советы начали оказывать давление на прибалтийские страны. 28 сентября Эстония была вынуждена подписать с Советским Союзом договор о «взаимопомощи». В течение последующих двух месяцев подписать аналогичные договоры были вынуждены Латвия и Литва. Несмотря на личные заверения Сталина об уважении их суверенитета, все три государства были включены в состав Советского Союза в начале лета следующего года, после чего НКВД тут же депортировал около 25 тыс. «неблагонадежных» граждан.

Хотя нацисты не возражали против захвата Сталиным прибалтийских стран и были согласны даже с захватом Бессарабии, его желание взять под контроль побережье Черного моря и устье Дуная, неподалеку от нефтяных промыслов в Плоешти, они посчитали не просто провокационным, а несущим в себе скрытую угрозу.

Сопротивление поляков в отдельных местах продолжалось еще и в октябре, но масштабы их поражения были чудовищными. По разным оценкам, вооруженные силы Польши в боях с немцами потеряли 70 тыс. человек убитыми, 133 тыс. ранеными и 700 тыс. пленными. Общие потери немецкой армии составили 44 тыс. солдат и офицеров, в том числе 11 тыс. убитыми. Слабая авиация Польши была полностью уничтожена, но и люфтваффе понесли на удивление большие потери – 560 самолетов, преимущественно вследствие авиакатастроф, а также огня польской зенитной артиллерии. А доступные исследователям данные о польских потерях при советском вторжении выглядят ужасающе. Красная Армия, как утверждается, потеряла 996 человек убитыми и 2 002 ранеными, в то время как потери поляков только убитыми составили 50 тыс. человек, а количество раненых неизвестно. Такую несоразмерность можно объяснить только массовыми расстрелами. Скорее всего, сюда входят расстрелы, произведенные весной следующего года, в том числе и в Катынском лесу.

Гитлер не спешил с объявлением о гибели польского государства. В октябре он все еще надеялся принудить Англию и Францию прийти к соглашению. Несостоявшееся наступление союзников на западе в помощь полякам привело его к мысли, что ни англичане, ни особенно французы в действительности не хотят вступать в войну. 5 октября в Варшаве на параде по случаю победы над Польшей рядом с Гитлером стоял генерал-майор Эрвин Роммель. После принятия парада фюрер обратился к иностранным журналистам. «Господа, – сказал он, – вы видели руины Варшавы. Пусть это станет предупреждением для тех политических деятелей в Лондоне и Париже, которые все еще думают о продолжении войны». На следующий день он выдвинул в Рейхстаге «предложение о заключении мира». Но когда оно было отвергнуто правительствами союзников, и когда стало ясно, что Советский Союз решительно настроен не оставить никаких следов польской государственности в своей зоне, Гитлер, в конце концов, решился полностью уничтожить Польшу.

Оккупированная немцами Польша была поделена на генерал-губернаторство, расположенное в центре и на юго-западе бывшей Польши, и на области, включенные в состав рейха (Данциг – Западная Пруссия и Восточная Пруссия на севере, Вартеланд на западе и Верхняя Силезия на юге). Масштабная кампания этнических чисток опустошила те части бывшей Польши, которые должны были войти в состав рейха и подвергнуться «германизации». Эти районы должны были быть заселены Volksdeutsche – немцами из прибалтийских стран, Румынии и некоторых других балканских стран. Польским городам дали немецкие названия. Лодзь переименовали в Лицманштадт, в честь немецкого генерала, который воевал в этих краях во время Первой мировой войны. Городу Познани вернули былое прусское название – Позен. Он стал административным центром области Вартегау.