Первой командировкой после Вьетнама не в составе миротворцев стал для SASR Кувейт, куда в 1998 году был направлен 1-й эскадрон, приданный новозеландскому SAS. Австралийцы сыграли ключевую роль в операции в Восточном Тиморе (сентябрь 1999 г. – февраль 2000 г.), где действовал 3-й эскадрон полка, впоследствии замененный 1-м и 2-м.

SASR был ключевым элементом системы предотвращения терактов во время Олимпийских игр в Сиднее в 2000 году. Два эскадрона полка находились в постоянной боевой готовности.

Захват спецназовцами новозеландского корабля Tampa в августе 2001 года остается одним из самых противоречивых инцидентов в истории SASR. В конце августа 2001 года контроль над норвежским кораблем Tampa захватили более 430 беженцев из Афганистана и Шри-Ланки, прося предоставить им убежище в Австралии. Корабль к тому времени находился около Индонезии (и в 150 км от австралийского острова Рождества). Австралийское правительство отдало приказ взять корабль под контроль и отвести к острову Рождества, поручив эту задачу SASR. Хотя бойцы SASR сделали все, чтобы улучшить условия находящихся на корабле людей, участие спецназа в операции по предотвращению высадки беженцев в Австралию не прибавило популярности подразделению. Кроме того, Международная федерация транспортников и вовсе назвала действия австралийских властей незаконными.

О решении отправить SASR в Афганистан Австралийское правительство заявило в октябре 2001 года. 1-й эскадрон прибыл в страну в ноябре. Был предусмотрен режим ротации эскадронов каждые шесть месяцев. По традиции, к каждому прибывавшему эскадрону SASR была придана рота новозеландского SAS. Основные задачи подразделения были определены как поисковые и разведывательные операции. SASR вышел из Афганистана в ноябре 2003 года, после того как все три эскадрона прошли через командировку в этой стране. За это время австралийский спецназ потерял одного бойца – сержанта Эндрю Рассела (джип, в котором он ехал, подорвался на мине).

В марте 2003 года подразделения SASR были направлены в Ирак.

SASR нес на себе основную нагрузку участия австралийских вооруженных сил во время войны в Ираке в 2003 году. Командированный контингент включал в себя 1-й эскадрон, взвод из 4-го батальона Королевского австралийского поста и подразделение Incident Response Regiment. 1-й эскадрон действовал в западном Ираке и был заменен почти сразу после окончания операции. 1-й эскадрон был вскоре выведен, но отдельные подразделения SASR остались в стране.

Патрули SASR проводили продолжительные рейды в глубь территории Западного Ирака. Первый патруль пробыл в пустыне 96 часов, оставаясь незамеченным и иракскими солдатами, и местным населением. К середине марта перед патрулями SASR была поставлена задача обнаруживать и уничтожать иракские пусковые установки и вести наблюдение за передвижениями иракских войск. Со вторым заданием бойцы успешно справились. Бойцы обнаруживали крупные подразделения иракской армии, отслеживали их перемещения и наводили на них авиацию. Несколько раз патрули были обнаружены иракскими военными и вступали в бой. Однажды силы противника превосходили силы SASR более чем в 20 раз, но благодаря грамотным действиям и умению вести точный и экономный огонь SASR не потерял ни одного бойца. Действуя на территории Западного Ирака, подразделения полка принимали участие в налетах и рейдовых операциях против иракских баз. В апреле бойцы захватили авиабазу Аль-Азад, западнее Багдада, без единого выстрела. На ней находилось около 50 самолетов. После небольшой реконструкции база была переоборудована для размещения самолетов коалиции. После завершения основной части операции бойцы SASR были задействованы в операциях по борьбе с повстанцами внутри иракских городов.