Поздно вечером 29 января советская делегация покинула Брест-Литовск. Петроград встретил членов делегации настоящей зимой, от которой они уже начали отвыкать. В первый же день после приезда Иоффе и Покровский беседовали в Смольном с Лениным. Завершив неотложные дела в Наркоминделе и побывав на заседании ВЦИК, Михаил Николаевич выехал в Москву.

Немцы в полной мере использовали ситуацию, сложившуюся после отъезда советской делегации из Бреста. 18 февраля германские войска начали наступление по всему фронту. Без серьезных усилий они захватили у Советской России новые территории и большое количество военного имущества в прифронтовой полосе. В этих условиях в ночь на 24 февраля ВЦИК и СНК РСФСР приняли новые германские условия, которые были намного тяжелее прежних. 3 марта 1918 года мирный договор с Германией и ее союзниками был подписан.

Участие в брест-литовских переговорах – важная веха в политической биографии Покровского. Именно тогда его имя замелькало на страницах периодической печати и получило всероссийскую известность. Однако ни славы, ни почета эта ответственная и тяжелая работа ему не принесла. Скорее наоборот. Выражая мнение широкого круга противников большевизма, историк Ю.В. Готье писал 6 марта 1918 года, что «отныне на веки знаменитый М.Н. Покрвоский» стал героем «второй русской смуты». Понятно, героем отрицательным: «Не сделавшись ничем другим, он стал Геростратом или, вернее, одним из геростратов России.» Два десятилетия спустя столь же хлестко обвиняли Покровского за «левокоммунистические» взгляды в официальной советской историографии.

После возвращения из Брест-Литовска Покровский вновь активно включился в советскую работу. 4-й Московский областной съезд Советов, состоявшийся 11 марта 1918 года, принял решение об образовании Совнаркома Москвы и Московской области. Председателем областного СНК был избран М.Н. Покровский.

Основной задачей нового органа власти было руководство политической и экономической жизнью 14 губерний Центральной России. При этом исходили из следующего принципа: все местные Советы в своей местной деятельности вполне автономны, а в общих областных делах подчиняются руководству Совета Народных Комиссаров.

Однако уже вскоре выяснилось, что региональный СНК во многом дублирует центральные правительственные учреждения. Не прошло и трех недель с момента создания областного Совнаркома, как его председатель говорил на одном из заседаний в самых безрадостных тонах: «В действительности работники не знают, что делать. Большая часть комиссаров существует лишь на бумаге. Мы не знаем, каких работников приглашать, если мы не знаем, будет ли существовать тот или иной комиссариат». Между областным и центральным Совнаркомами начались трения. Существование параллельных комиссариатов приводило к тому, что различные учреждения и лица порой не знали, куда им обращаться, и потому вели дела и с теми, и с другими. Часто по одному и тому же вопросу они получали совершенно разные ответы. Все это вносило путаницу в местную жизнь.

Московский областной СНК оттягивал много сил у республики, и так-то не богатой опытными руководителями. Центральное Советское правительство, переехав в Москву, оставило часть своих работников в Петрограде. Необходимо было пополнение, а областной Совнарком отказывался удовлетворить эти требования. Например, 12 апреля он постановил, что Покровский не может занять должность заместителя комиссара народного просвещения РСФСР.

Центральный Совнарком по докладу Покровского принял решение создать комиссию из представителей обоих Советов Народных Комиссаров для разбора конфликтов между ними и более точного разграничения их функций и прав. Такая комиссия была создана. В ходе ее работы стороны пришли к выводу, что нужно объединить силы центра и области, активные областные работники должны входить в центральный Совнарком как члены коллегий.