Убийство русских во дворце взбудоражило весь Тифлис. Многие высшие сановники Грузии приехали во дворец и стали уговаривать царицу подчиниться приказу императора, но она никого не желала слушать, угрожая в случае насилия лишить себя жизни. То же твердили и ее дети. Дальнейшие переговоры теряли смысл. Полицмейстер Сергунов, завернув руку в толстую папаху, приблизился в царице и вырвал кинжал из ее рук. Но стоявшая рядом царевна Тамара неожиданно бросилась на него, однако промахнулась и вонзила свой кинжал в плечо матери. Увидев это, царевич Жабраил заплакал и бросил свое оружие на пол.

Вечером того же дня все царское семейство было собрано в Мцхете, откуда под охраной сильного отряда отправлено в Россию. Там царица Мария была заключена в Белгородский женский монастырь, где провела семь лет. Затем, получив прощение, она еще долго жила в Москве, где и умерла в 1850 году в восьмидесятилетнем возрасте и с большими почестями была похоронена в Мцхетском соборе, служившем усыпальницей грузинских царей.

Гибель И.П. Лазарева была оплакана его боевыми товарищами. Тело генерала под гром артиллерийского салюта при большом стечении народа и в присутствии войск было погребено в тифлиском Сионском соборе. Генерал Цицианов бросил в могилу первую горсть земли, не подозревая о том, что вскоре ему придется лечь рядом…

Укрепление власти России в Грузии создало благоприятные условия для расширения ее влияния на другие закавказские земли. В правительственных кругах вновь появились планы выхода к западному побережью Каспийского моря в районы Дербента и Баку, но теперь уже со стороны Грузии. Осуществление этих мероприятий означало не только вооруженные столкновения с местными ханствами, но и могло привести к войне с Персией и Турцией. Правда, это не остановило петербургских политиков, которые смогли убедить молодого царя Александра I в необходимости активизировать действия российских войск на Кавказе. Соответствующие директивы были подкреплены посылкой новых воинских формирований, значительно усиливших Кавказский корпус.

В конце 1803 года полки Цицианова вступили в граничившее с Грузией Ганжинское ханство и осадили его столицу. На предложение сдаться хан Джевад высокомерно ответил: «Персидский шах, слава Аллаху, близко. Если ты хвастаешься своими пушками, то и мои не хуже твоих. Если твои пушки длиной в один аршин, то мои в три и четыре аршина, а успех зависит от Аллаха».

После такого ответа Цицианову не оставалось ничего другого, как вести войска на штурм. 3 января 1804 года Ганжа была взята с потерей со стороны русских войск 46 человек убитыми и 243 ранеными. Ее защитники только убитыми потеряли более тысячи человек, среди которых был и хан Джевад. Уцелевшие жители столицы, а затем и всего ханства присягнули на верность России. Ганжинское ханство было ликвидировано и на правах округа присоединено к Грузии, а его столица в честь императрицы Елизаветы Алексеевны переименована в Елизаветополь. За эту победу Цицианов был произведен в генералы от инфантерии, а весь личный состав награжден специальными серебряными медалями с надписью «За труды и храбрость при взятии Ганжи 3 января 1804 г.».

Как и следовало ожидать, падение Ганжи вызвало большое беспокойство правящих кругов Персии, боявшихся потерять вассальные владения в Закавказье и, прежде всего, Эриванское и Карабахское ханства. В Петербург был направлен ультиматум, а персидская армия начала готовиться к походу в Закавказье. При этом, опасаясь оказаться один на один с Россией, шахское правительство начало лихорадочно искать себе союзников. По ранее накатанному пути персидские послы устремились в Лондон, но там их ждала неудача. После того как 5 июня 1801 года Александр I заключил с Англией договор против Наполеона, британские политики стали намного осторожнее вести «восточные дела». Щедрые шахские подарки были безрезультатно поглощены английской правительственной бюрократией.