В числе немногочисленных плененных защитников оказался и Шейх-Мансур. С четырьмя своими сподвижниками он был отправлен в Петербург, а затем сослан пожизненно в Соловецкий монастырь, где и умер в 1798 году. Последнее его письмо, обнаруженное в архивах профессором Оттино, было помечено «Соловец, 15 сентября 1798 года» и подписано «Джованни Батист Боэтти, проповедник».

Чеченские сподвижники Шейх-Мансура Хаджи-Гасан, Чагелезгин-Сулейман и едишкулец Пендже-Али были сопровождены в Симферополь к генерал-аншефу М.В. Каховскому. Там было по их делу проведено следствие, «так как по сделанным допросам они не признались и не обличены ни в каком злом умысле, то Ее Императорское Величество, следуя всегдашнему ее в подобных случаях правилу – лучше даровать прощение преступнику, нежели наказать невинного, высочайше повелеть соизволила водворить их в Тавриде между людьми испытанной верности и, отыскав, доставить женатым их жен и детей».

После взятия Анапы русские войска некоторое время оставались в лагере, расположенном в окрестностях города. Вскоре Гудовичу стало известно, что противник без боя оставил крепость Суджук-кале. Направленные туда казаки подтвердили это. Они нашли крепость пустой и сожженной с 30 брошенными на валах орудиями. Заклепав пушки и сбросив их в море, русские оставили эту крепость и вернулись в главный лагерь.

4 июля 1791 года на рейде Анапы показался турецкий флот, состоявший из 52 судов. Но, убедившись, что крепость пала, флот ушел в открытое море. Но русское правительство и высшее командование видимо плохо знали обстановку. Из Петербурга поступило указание уничтожить Анапскую крепость. Следуя ему, Гудович приказал срыть укрепления до основания, а сам город предать огню. 11 июля русские войска начали обратное движение и спустя два месяца вернулись на свою территорию. После этого Кубанский корпус по приказу Г.А. Потемкина-Таврического был переведен в Екатеринославскую губернию и передан в состав армии генерал-аншефа Каховского.

После покорения Анапы Гудович занялся внутренними делами в подчиненном ему крае. 7 ноября он представил императрице всеподданнейший отчет, в котором достаточно четко оценил политическое состояние края и проживающих на его территории народов.

В середине января 1792 года от кавказского командующего в Петербург было доставлено донесение, в котором он излагал свои мысли об учреждении линии на Северном Кавказе после заключения мира с Турцией. В нем он подробно описал наличие и состояние всех крепостей, укреплений, редутов и селений, имевшихся на линии от Черного моря до Каспийского. Сделав оценку всем оборонительным сооружениям, Гудович, с учетом проводимой Россией на Кавказе военной политики, предложил некоторые из них упразднить, а другие усилить.

В конце февраля 1792 года последовал указ, согласно которому войска Кавказского корпуса стали подчиняться непосредственно Военной коллегии, а спустя два дня – об усилении Терской линии. В связи с последним Кубанский корпус вновь был возвращен в подчинение Гудовичу.

С целью быстрого обустройства линии в июне 1792 года Гудович также был назначен вместо П.С. Потемкина кавказским генерал-губернатором, впервые совместив военное и гражданское управление всем подчиненным России краем.

В том же году Гудович вышел к правительству с предложением: «Дабы сделать границу на Кубани надежной, чтобы оная самим населением была защищаема, то перевести оттуда (с Дона) три полка казаков, которых поселить вниз по Кубани от крепости Прочного Окопа до устья Лабы».