В конце сентября в ожидании удара противника ротация частей шла чуть ли не каждый день, как и смена мест базирования. Буквально несколько дней назад – 24 сентября в состав 6-го иак вошел 169-й иап с 19 МиГ-3, но уже 27-го числа он убыл на Северо-Западный фронт. 21 сентября 24-й иап на истребителях ЛаГГ-3 убыл в Ленинград, но в то же время корпус пополнился новым 564-м иап в составе 23 летчиков и
23 ЛаГГ-3. Большая часть полка разместилась на аэродроме Инютино (где раньше базировался 24-й иап), а 8 «экипажей» на передовом аэродроме Вязьма-Старое. Одновременно с этим 178-й полк также был разделен на две части. Девятка ЛаГГ-3 и одна эскадрилья, вооруженная И-16, остались в Липицах, а третья с 9 И-16 убыла на авиабазу Калуга-Грабцево.
24 сентября группа в составе 3 МиГ-3 и 3 И-16 из 176-го иап перебазировалась в Ярославль. А уже через три дня она перелетела дальше на северо-запад – в Рыбинск. 28 сентября 20 И-16 перебазировались из Тушино на передовой аэродром Знаменка-Вязьма. 29 сентября в состав 6-го иак вошли 445-й иап (на истребителях МиГ-3) и 95-й иап (на двухмоторных истребителях Пе-3бис). Первый разместился в Кашире, второй в Чкаловской. 30 сентября 171-й иап был прикомандирован к корпусу для обороны городов Тулы и Сталиногорска.
Рассредоточение и перебазирование значительной части истребителей на передовые аэродромы осуществлялось в связи с опасениями Сталина, что ожидавшееся наступление на Москву Гитлер обязательно предварит массированным дневным налетом на Москву, как это уже случилось в Ленинграде 8 сентября. «Задача этих полков: в случае большого дневного налета противника на Москву они должны дать первыми бой и тем самым обеспечить истребительной авиации, базировавшейся в районе столицы, возможность своевременно и полностью изготовиться к бою, а при возвращении с налета – встретить и преследовать немецких бомбардировщиков до места посадки», – говорилось в соответствующем приказе Ставки от 27 сентября.
В течение сентября 6-й иак выполнил в общей сложности 6620 самолето-вылетов, в том числе 86 ночью, заявив про 10 сбитых самолетов (7 Ju-88, 2 Не-111 и 1 Do-215). Средний показатель 662 вылета на один заявленный сбитый самолет, разумеется, является вопиющим! Получается, что летчики лучших полков совершали совершенно бесцельно сотни и тысячи полетов, барражируя в небе, любуясь пейзажами и впустую сжигая бензин и моторесурс. Не говоря уже о сизифовом труде тысяч техников, загрузке транспорта бесцельным перемещением вышедших из строя машин на заводы-производители и обратно и т. д. и т. и. При этом большая часть побед была записана пилотам МиГ-3. Впрочем, это неудивительно, учитывая тот факт, что к концу сентября в 6-м истребительном авиакорпусе насчитывалось уже 177 МиГов, а немецкие самолеты в районе Москвы действовали в основном поодиночке и не всегда (из-за погодных условий) на больших высотах. Собственные потери составили 10 истребителей и 3 погибших летчика.