Около 16.30 у косы Чушка парой Bf-110 из Kustenstaffel Krim были атакованы артиллерийский катер (АКА) № 116 и катер-тральщик КЭМТЩ № 111. В результате на первом погибли три моряка, включая командира катера старшего лейтенанта В.С. Кравцова, а также большинство из находившихся на нем 25 десантников. Поврежденный катер смог дойти до причала на косе Чушка и уже там затонул. Второй катер затонул сразу после атаки «Мессершмиттов», погибли 3 человека из его команды.

Затем в 17.45 в районе Глейки пара Bf-109 обстреляла бронекатер № 112. Погибли 3 моряка, включая командира катера лейтенанта Д.П. Левина, а также 3 десантника. Еще 6 моряков и столько же десантников были ранены. Сам бронекатер получил повреждения и временно вышел из строя.

В ночь на 4 ноября немецкий флот предпринял попытку не допустить дальнейшую доставку войск и грузов на захваченные плацдармы. Пять быстроходных десантных барж (БДБ) должны были блокировать плацдарм восточнее Керчи, а четыре других – Эльтигенский плацдарм. Их должны были поддержать торпедные катера S-26, S-28, S-45, S-47 и S-49, а также два так называемых «раумбота» – катерные тральщики.

Вскоре после полуночи в Керченском проливе произошло несколько скоротечных боевых столкновений, когда противники в темноте теряли друг друга из виду. Сначала в 01.25 в районе мыса Такиль артиллерийским огнем с «раумботов» был поврежден торпедный катер № 81, который после этого ушел в сторону Тамани. В 01.51 в районе Опасное в бою с немецкими БДБ артиллерийским огнем был поврежден СКА № 0112. Он получил надводную пробоину и лишился мачты. Четыре моряка были убиты, а сам катер надолго вышел из строя.

Почти час спустя в районе мыса Такиль в ходе дуэли все с теми же R-204 и R-216 сначала загорелся, а потом в 02.47 затонул торпедный катер № 101 старшего лейтенанта Алексея Макухи. Все семь моряков, находившиеся на его борту, включая командира 2-го отряда ТКА 1-го дивизиона ТКА 1-й бригады ТКА капитан-лейтенанта Владимира Боброва, погибли.

При этом в этих стычках ни один из «раумботов» не получил никаких повреждений. Незначительные повреждения получили БДБ F335, на которой был ранен один моряк, и F578.

Однако эти боевые столкновения в проливе не помешали переправе. Так, за ночь в Эльтиген были доставлены 384 человека, две 45-мм пушки, 18,2 тонны боеприпасов, 10,6 тонны продовольствия и 0,4 тонны медикаментов.

При этом волнами был выброшен на берег и затем расстрелян артиллерийским огнем катер-тральщик № 524. Уже после высадки десанта бесследно исчез сторожевой катер ЗК № 053, вероятно подорвавшийся на мине. Все 12 моряков, включая находившегося на катере командира 3-го дивизиона сторожевых кораблей капитан-лейтенанта Георгия Пупкова, числятся пропавшими без вести. Повреждения, в том числе от артиллерийского огня, получили СКА № 075, КАТЩ № 568, КМ № 0117 и КМ № 0138, моторный баркас № 3.

На плацдарм же восточнее Керчи к утру были переброшены подразделения 85-го гвардейского стрелкового полка 32-й гвардейской СД. А потом в течение дня туда же прибыли и остальные два полка этой дивизии.

4 ноября над районом боевых действий висела плотная облачность на высоте 50–100 м, видимость составляла всего один километр, ограничивая возможности авиации. За весь день летчики 4-й ВА выполнили только 44 самолето-вылета.

Штаб 230-й ШАД получил приказ поднять как можно больше самолетов, чтобы с малой высоты вылить белый фосфор на восточную окраину Баксы. Надо заметить, что для этого использовались так называемые ВАПы – выливные авиационные приборы, которые наполнялись гранулированным фосфором и керосином. Применять ВАПы следовало применять с бреющего полета на минимальной высоте, что было крайне опасно для штурмовиков.