Картина глазами нового хозяина выглядела удручающей, тем более накануне наступления зимы. Порт мог одновременно принимать не более пяти судов с осадкой не более шести метров. Причалы, средства механизации на них, железнодорожные пути находились в запущенном состоянии. Левый берег был приспособлен лишь для погрузки угля, а Экономия вообще не могла принимать суда с военными грузами. В Молотовске у судостроительного завода продолжал строиться причал. «Предстояло незамедлительно увеличить причальный фронт, перестроить причалы так, чтобы они могли принимать и быстро обрабатывать большие пароходы с грузами: произвести реконструкцию железнодорожных путей в порту; построить новые порты в устье Двины и на Экономии, оснастить все районы механизмами, резко увеличить число грузчиков, машинистов кранов, механиков» (там же, с. 244).

Добившись постановления ГКО «Об Архангельском порте», Папанин много сделал, выражаясь его словами, «в превращении захолустного порта в механизированный международный», начав с причалов, складских помещений и железнодорожных путей в Бакарице, Экономии и будущем Северодвинске., мобилизовав всю наличную рабочую силу от студентов (точнее, студенток) до заключенных. Много сил потребовали дноуглубительные работы на фарватерах Северной Двины к новым причалам, с которыми надо было успеть до замерзания реки. С окончанием строительства железно-дорожной ветки от Экономии до Жаровихи встал вопрос о переброске поступающих грузов (включая такие тяжеловесы, как танки) на левый берег к действующей железнодорожной магистрали. Одними зека и мобилизованными студентками здесь было не справиться, но полярный опыт Папанина здесь пригодился, когда он привлек к решению этой проблемы не только изыскателей-портовиков Г.Я. Наливайко и строителей-железнодорожников из системы НКВД, но еще и ученых Н.Н. Зубова и М.М. Сомова. Последние выполнили необходимые расчеты для определения прочности ледяной переправы, полученной методом наращивания льда на Двине, поливая его водой на морозе. Затем на намороженный лед укладывали рельсы дороги-времянки, по которым мотовозы один за другим переправляли тяжеловесы-танки к Исакогорке на левом берегу. На союзников сильное впечатление произвело размораживание доставленных морем танков, ставших похожими на айсберги, струей пара с паровозов. Несомненно, Папанин со своей народной сметкой и талантом организатора оказался на месте, заслужив среди подчиненных известность в качестве министра авралов.

Вскоре стало ясно, что Архангельск с Молотовском не в состоянии справиться с потоком грузов, поступающих морем, и, когда 5 ноября английская миссия поставила вопрос о возможности заходов конвоев с грузами в Мурманск, Головко согласился с этим предложением. Прошло два месяца, и 17 января 1942 года адмирал отметил в своем дневнике: «Конвои, как и следовало ожидать, пошли на Мурманск. Первый конвой из 9 транспортов пришел 12 января и до сих пор разгружается. Разгрузка организована плохо. Оборудование из Мурманска вывезли в первый месяц войны, подготовка же к приему конвоев здесь не велась» (Папанин, с. 93).

Мурманском пришлось заниматься также Папанину, куда через Обозерскую и Беломорск он добрался по новой железной дороге, построенной на костях зека, использовав опыт Архангельска в полной мере. Первые впечатления не давали оснований для оптимизма: «Густой пар поднимался от Кольского залива. Высоко в небе полыхало полярное сияние. Где-то вдали бухали зенитки, озаряя горизонт багровыми вспышками. Ни одного огонька на пустынных улицах Мурманска. Настороженная тишина: рядом фронт» (там же, с. 265). Ситуацию в Мурманске Папанин увидел иначе, чем Головко: «Мурманский порт был закрыт. Портовые механизмы демонтированы и вывезены. Оставался один плавучий кран да несколько разобранных паровых кранов. Железнодорожная сеть в порту была развита слабо. Причалы находились в плачевном состоянии и требовали капитального ремонта. Не было ни общежитий для рабочих, ни столовых, ни запасов спецодежды, ни продуктов питания. Короче говоря, картина еще плачевнее, чем в Архангельском порту, когда я увидал его впервые. Но шла война и раздумывать было некогда. Надо было незамедлительно браться за работу» (Папанин, с. 263).