В 1860 году войска получили приказ наказать кайовов и команчей, но успеха они не достигли. В марте из фортов Райли, Кобб и Юнион вышли колонны солдат. Одной из них, выступившей из форта Райли, командовал майор Джон Седжвик. Его колонна состояла приблизительно из 500 кавалеристов и группы разведчиков-дел аваров, которыми руководил широко известный на Диком Западе делавар Падающий Лист. Спустя несколько месяцев колонна достигла Нового Форта Бента, ни разу не столкнувшись с индейцами. Вскоре были получены сведения о военном отряде кайовов, и капитан Вильям Стил с отрядом из 89 человек бросился в погоню. Они проскакали 56 миль, но вынуждены были повернуть назад, не встретив ни одного краснокожего. Тем временем кайовов заметили в районе Нового Форта Бента. За ними выслали лейтенанта Стюарта с кавалеристами. Кайовы оказались зажаты между отрядами Стюарта и Стил а. В результате боя вдоль р. Кайова-Крик, штат Колорадо, кайовы ранили трех бледнолицых, а сами, согласно рапорту, потеряли убитыми двух воинов. Кроме того, солдаты захватили 16 женщин и детей и 40 лошадей и мулов. Пленников передали индейскому агенту Вильяму Бенту.

Начавшаяся в следующем году Гражданская война отвлекла правительство США от проблем с враждебными индейцами. Осенью 1863 года стало известно, что сиу, шайены, кайовы, кайова-апачи, команчи и часть арапахов планируют весной начать на Равнинах полномасштабную войну. В июне 1864 года к племенам отправили гонцов с сообщением, что всем дружески настроенным индейцам следует поставить свои лагеря около военных постов, остальные же будут считаться враждебными и подвергнутся уничтожению. Откликнулась только часть арапахов и шайенов. В августе индейский агент сообщал из форта Лайон, что получены приказы убивать всех индейцев, обнаруженных на равнинах. В 1864 году нападения индейцев на Южных равнинах так участились, что все ранчо и станции на территории 400 миль были покинуты. В октябре 1865 года в устье р. Арканзас с кайовами, кайова-апачами, команчами, шайенами и арапахо был подписан новый мирный договор. В 1866 году умер Дохасан, являвшийся верховным вождем кайовов в течение 33 лет. С того времени, по мнению Джеймса Муни, начался упадок племени. Сохраняя мирные отношения с США, кайовы продолжали совершать рейды в Техас, жестокую войну с которым они вели на протяжении всего XIX века.

В 1867 году у Медисин-Лодж был подписан новый договор, который должен был положить конец нападениям на белых людей. Племена согласились поселиться в резервации, но 27 ноября 1868 года генерал Кастер атаковал селение шайенов на р. Вашита и уничтожил его. Лагеря кайовов, команчей, кайова-апачей и арапахов стояли ниже по реке. Кайовы, оказавшиеся ближе всего, приготовились к бою, но в ходе переговоров согласились отправиться вместе с солдатами в свое агентство. Вместо этого, разбившись на группы, они попытались ускользнуть. Кастер ложью захватил в заложники верховного вождя племени Гуипаго (Одинокого Волка) и одного из самых влиятельных людей – Сатанту (Белого Медведя) и обещал повесить их, если в течение двух дней все племя не появится в агентстве. К концу декабря 1868 года почти все племя, кроме общины вождя Манйитена (Женское Сердце), находилось в резервации, и вождей отпустили. Кайовы оказались в резервации, но продолжали совершать рейды в Техас, убивая людей, уводя лошадей и захватывая женщин и детей.

Летом 1870 года вождь кайовов Пинающая Птица, призывавший соплеменников жить в мире с белыми людьми, был обвинен ими в трусости. Дабы восстановить авторитет, вождь собрал большой отряд, покинул резервацию и направился в рейд на Техас. Воины атаковали почтовый дилижанс вблизи станции Рок-Стейшн. Из форта Ричардсон в погоню за ними был выслан отряд из 56 кавалеристов во главе с капитаном Кервином Макклелланом. Солдаты наткнулись на небольшую группу кайовов, но к индейцам подоспело подкрепление. Воины окружили кавалеристов, и Макклеллан дал приказ отступать. Двигаясь на юг, они отбивались от наседавших кайовов четыре часа. Одного из кавалеристов убил сам Пинающая Птица. Он вернулся в резервацию победителем. Его авторитет был восстановлен, и соплеменники начали внимательнее прислушиваться к его советам. Согласно Макклеллану, его солдаты убили 15 кайовов, но это, как нередко случалось с армейскими рапортами, было откровенной ложью. Если бы отряд Пинающей Птицы понес такие потери, он не только не смог бы восстановить свой авторитет, но утратил бы его навсегда.