ФЗ от 27 декабря 2009 г. № 346-ФЗ «О внесении изменений в ст. 31 и 35 УПК РФ» ст. 35 УПК РФ была дополнена ч. 4, которая предусматривает, что по ходатайству Генерального прокурора РФ или его заместителя уголовное дело хотя бы об одном из преступлений, предусмотренных ст. 205, 205.1,205.2,206,208,209,211,277–279 и 360 УК РФ, если существует реальная угроза личной безопасности участников судебного разбирательства, их близких родственников, родственников или близких лиц, по решению ВС РФ может быть передано для рассмотрения в окружной (флотский) военный суд по месту совершения преступления.

Вместе с тем с учетом внесенных в ФКЗ «О военных судах РФ» изменений функции и задачи военных судов остались прежними. Как органы правосудия, военные суды выполняют единые для всех судов общей юрисдикции задачи. Осуществление правосудия в войсках требует хорошего знания жизни и деятельности войск, военного законодательства, воинских уставов, наставлений и приказов, конкретных условий жизни и деятельности войск. Судьи военных судов должны быть готовы действовать надлежащим образом в чрезвычайных условиях, в том числе в боевой обстановке, иметь для этого знания и соответствующую военную подготовку.

Необходимость осуществления своей деятельности непосредственно в выполняющих боевые задачи войсках, в особой обстановке во время военных действий объективно требует наличия судебных органов, особенности организации и комплектования которых позволяли бы эффективно решать задачи осуществления правосудия в таких специфических условиях, при которых деятельность других судов общей юрисдикции была бы невозможной. Именно поэтому, несмотря на то, что с 2009 г. судьи военных судов перестали быть военнослужащими, в ст. 27 ФКЗ «О военных судах РФ» была введена норма, в соответствии с которой преимущественным правом на назначение на должность судьи военного суда обладает военнослужащий, имеющий воинское звание офицера, а также гражданин, имеющий воинское звание офицера, пребывающий в запасе или находящийся в отставке.

В соответствии с Законом РФ о поправке к Конституции РФ «О Верховном Суде РФ и прокуратуре РФ» от 5 февраля 2014 г. № 2-ФКЗ, ФКЗ «О Верховном Суде РФ» от 5 февраля 2014 г. № З-ФКЗ, «О внесении изменений в ФКЗ «О судебной системе РФ» от 5 февраля 2014 г. № 4-ФКЗ, ФЗ «О порядке отбора кандидатов в первоначальный состав Верховного Суда РФ, образованного в соответствии с Законом РФ о поправке к Конституции РФ «О Верховном Суде РФ и прокуратуре РФ» от 5 февраля 2014 г. № 16-ФЗ в Верховном Суде РФ в 2014 г. вместо Военной коллегии была сформирована Судебная коллегия по делам военнослужащих.

23 июня 2014 г. был принят ФЗ № 154-ФЗ[75], в соответствии с которым созданы Крымский и Севастопольский гарнизонные военные суды, подведомственные Северо-Кавказскому окружному военному суду, с местом дислокации в г. Симферополе и г. Севастополе соответственно. Юрисдикция этих судов распространяется на территории, где расположены военные гарнизоны, войска, воинские формирования и органы, в которых предусмотрена военная служба, дислоцированные соответственно в Республике Крым и городе федерального значения Севастополе.

Руководством Верховного Суда, Судебного департамента при Верховном Суде РФ совместно с руководством Северо-Кавказского окружного военного суда была проделана огромная организаторская работа, которая позволила сформировать и своевременно, 26 декабря 2014 г., приступить к работе Крымскому и Севастопольскому гарнизонным военным судам.