Расширение подсудности уголовных дел военным трибуналам произошло в 1947 г. в связи с принятием 9 июня Указа Президиума Верховного Совета СССР «Об ответственности за разглашение государственной тайны и за утрату документов, содержащих государственную тайну». Все дела о преступлениях, предусмотренных названным указом, стали подсудны военным трибуналам независимо от того, кем бы ни были совершены преступления[65].

В послевоенное время Указом Президиума Верховного Совета СССР от 26 мая 1947 г. «Об отмене смертной казни» была исключена высшая мера наказания, установленная за преступления действующими в СССР законами. В виде изъятия из данного указа допускалось применение смертной казни лишь к изменникам родины, шпионам, подрывникам-диверсантам по Указу Президиума Верховного Совета СССР от 12 января 1950 г.[66]

Принципиальные изменения в законодательстве о военных трибуналах и порядок их деятельности были внесены в период ликвидации культа личности И. В. Сталина, постепенного восстановления законности и исправления допущенных в прошлом нарушений и ошибок. Указом от 1 сентября 1953 г. Президиум Верховного Совета СССР упразднил Особое Совещание при МВД СССР. Дела, которые прежде рассматривало это учреждение во внесудебном порядке, были переданы в подсудность военных трибуналов. Это означало полное восстановление принципа осуществления правосудия только судом и правовых гарантий подлинного правосудия, упраздненных в 1934 г. по делам, подлежавшим ведению особого совещания и других внесудебных органов. Только суды стали правомочны применять уголовную репрессию[67].

Согласно положениям Указа Президиума Верховного Совета СССР от 11 сентября 1953 г. из подсудности военных трибуналов были исключены: дела о преступлениях работников милиции против установленного для них порядка службы, дела о преступлениях по службе работников военизированной охраны, кроме военизированной охраны первой категории; дела о разглашении государственной тайны и утрате документов, содержащих государственную тайну, гражданскими лицами.

В 1953 г. были расформированы военные трибуналы корпусов, дивизий, бригад, военные трибуналы войск МВД и военные трибуналы транспорта.

Указом Президиума Верховного Совета СССР от 28 июля 1956 г. из подсудности военных трибуналов были изъяты все дела о государственных преступлениях, совершенных гражданскими лицами, и переданы, кроме дел о шпионаже, в подсудность общих судов[68].

С принятием 12 февраля 1957 г. «Положения о Верховном Суде СССР» и нового «Положения о военных трибуналах» от 25 декабря 1958 г. (заменившего одноименное Положение 1941 г.) существенные изменения были внесены в устройство военных трибуналов, их компетенцию и порядок деятельности. Согласно «Положению о военных трибуналах» 1958 г., структура и штаты военных трибуналов определялись Министерством юстиции СССР, в составе которого действовало Управление военных трибуналов, совместно с Министерством обороны СССР.

Структура и штатная численность аппарата Военной коллегии Верховного Суда СССР утверждались Президиумом Верховного Совета СССР по совместному представлению Председателя Верховного Суда СССР и министра обороны СССР. Личный состав военных трибуналов и Военной коллегии входил в штатную численность Вооруженных Сил СССР, а их члены состояли на действительной военной службе. Финансовое и материально-техническое обеспечение военных судов и Военной коллегии осуществлялось Министерством обороны СССР.

Судьи военных трибуналов избирались Президиумом Верховного Совета СССР сроком на 5 лет из числа граждан СССР, состоящих на действительной военной службе, имеющих воинское звание офицера, высшее юридическое образование и достигших ко дню выборов возраста 25 лет.