С завершением периода военного времени судебная система перестроила свою работу в соответствии с законодательством мирного периода: сократились военные трибуналы, отменялись законы военного времени, сокращалась подсудность уголовных дел военным трибуналам, изменялся порядок комплектования военно-судебных органов. Проводились и существенные демократические преобразования в связи с принятием Основ уголовного судопроизводства СССР и союзных республик 1958 г. и УПК РСФР 1961 г. и других союзных республик. Устанавливалось, что военные трибуналы при рассмотрении уголовных дел применяют уголовно-процессуальное законодательство той союзной республики, на территории которой они действуют.

Исключение предоставлялось военным трибуналам, дислоцированным за границей, – они применяли законодательство РСФСР. Все эти изменения не затрагивали в существенной степени основ судоустройства и судопроизводства военных судов, и поэтому мы их не рассматриваем как этап военно-судебной реформы. Самостоятельным и завершающим этапом военно-судебных реформ мы рассматриваем период становления военно-судебных органов в Российской Федерации после распада СССР, который, по нашему мнению, не завершен и продолжается до настоящего времени.

В этот период, помимо проведения целого ряда организационных мероприятий, связанных с системой военных судов, их комплектованием и обеспечением кадрами, нашли свое воплощение принципиальные положения: военные трибуналы как органы, рассматривающие в основном уголовные дела в отношении военнослужащих и приравненных к ним лиц, превратились в военные суды, ставшие гарантом обеспечения законных прав и интересов военнослужащих. Военные суды, кроме рассмотрения уголовных дел в отношении военнослужащих Вооруженных Сил РФ, воинских формирований иных министерств и ведомств, в которых федеральным законом предусмотрена военная служба, рассматривают также гражданские и административные дела, доля которых существенно увеличивается. Военнослужащим предоставлено право обжаловать в военные суды действия и решения командования воинских частей и учреждений, нарушающих их права и законные интересы. Военные суды стали рассматривать материалы, предоставленные командованием о совершенных подчиненными им военнослужащими грубых дисциплинарных проступках с ходатайством о применении к ним наказания в виде содержания на гарнизонной гауптвахте в дисциплинарном порядке.

Военные суды стали совершенно независимыми от военного командования в материально-техническом и финансовом обеспечении, которое теперь возложено на Судебный департамент при Верховном Суде РФ (далее — ВС РФ). Все это позволяет сделать вывод о том, что военные суды в настоящее время являются специальными судами, осуществляющими правосудие в Вооруженных Силах РФ, в своей деятельности руководствуются единым для всех судов действующим законодательством РФ и являются гарантом обеспечения прав и законных интересов военнослужащих.

Военные суды в современном понимании возникли в России с появлением регулярной армии, требующей поддержания в ней определенного порядка несения военной службы.

Н. А. Петухов, который провел фундаментальное исследование проблем становления, развития и функционирования системы военных судов в России[28], делит историю правового регулирования военных судов на следующие периоды: (1) Развитие отечественного законодательства о суде в допетровский период; (2) Военно-правовые реформы Петра I (Великого); (3) Военно-судебная реформа 1864–1867 гг.; (4) Советский период развития военно-судебной системы; (5) Современный этап развития военных судов в РФ.