Назначение Духонина на должность начальника штаба Ставки вначале многие штабные деятели расценивали как временное явление, стараясь объяснить это каким-то капризом Верховного командующего, не совсем хорошо успевшего познать деловые качества прочих сотрудников Ставки. Сдавший свой пост Духонину генерал Алексеев тоже не был в особом восторге от такого выбора, но время показало правильность решения Корнилова.

Свое первое боевое крещение как самостоятельный стратег Духонин получил в октябре месяце. Тогда германский Генеральный штаб, для поднятия боевого духа в рядах германских солдат и матросов, решил закрепить свое удачное наступление в Прибалтике новой наступательной операцией, целью которой являлся захват островов Моонзундского архипелага. В случае удачи немцы полностью закреплялись в Ирбенах, вытесняли находившиеся там русские корабли и создавали прекрасный плацдарм к вторжению в Эстляндию с кратчайшим выходом к Петрограду.

Для выполнения этого смелого замысла немцы имели очень хорошие шансы. Большой флот англичан под командованием адмирала Джеллико полностью бездействовал в Северном море, что позволило Флоту открытой воды беспрепятственно перевести на Балтику свои главные силы: эскадры линкоров и линейных крейсеров. Помимо того в Гельсингфорсе на базе линейных кораблей Балтфлота по-прежнему царила полная анархия, ликвидировать которую Корнилов ещё не успел. Матросские комитеты митинговали, принимали одну резолюцию за другой, но воевать не желали.

По сути дела, в октябре 1917 года германский Генеральный штаб повторял план своей операции 1915 года по прорыву в Ирбены, но только с большим размахом. Для десантирования на Эзель была выделена усиленная пехотная дивизия, которая была дополнена кавалерией, мотоциклистами и огнемётчиками. Общая численность десанта составляла 23 тысячи человек, 500 лошадей и большое количество снаряжения.

На штурм укреплений Моонзунда немцы бросили более двух третьих всего флота, поручив командование собранными силами вице-адмиралу Шмидту, командующему 1-й эскадрой. В помощь ему был создан особый штаб, состоящий из офицеров штаба флота и Адмирал-штаба во главе с капитаном цур зее фон Леветцом, который вместе со Шмидтом разместился на линейном крейсере «Мольтке».

Под командованием Шмидта также находилась эскадра адмирала Бенке в составе пяти линкоров: «Кёниг», «Байерн», «Гросс Курфюрст», «Кронпринц», «Маркграф», эскадра адмирала Сушона в составе пяти линейных кораблей: «Фридрих Великий», «Кёниг Альберт», «Кайзерин», «Принц-регент Луитпольд», «Кайзер» и две эскадры лёгких крейсеров адмирала Рейтера и адмирала Гопмана. Кроме этого, была создана эскадра миноносцев и тральщиков под командованием коммодора Генриха.

Всего для операции «Альбион» было привлечено более трёхсот кораблей германского флота, 6 дирижаблей и около ста самолетов. Для занятия островов были выделены двенадцать пароходов, которые были уже собраны в Либаве.

О готовящейся на Балтике операции Ставка Верховного командования заблаговременно была информирована через агентурную сеть в Данциге и Либаве и заранее запросила помощи у англичан, но главный флагман Флота открытой воды Джеллико отписался лишь одними туманными обещаниями.

Операция вторжения началась 12 октября, когда, имея на руках похищенные в Гельсингфорсе кальки с русских минных полей, немецкие тральщики под прикрытием линейных кораблей расчистили место высадки своего десанта на остров Эзель. Два германских линкора – «Байерн» и «Гросс Курфюрст» – наскочили на мины, но это не помешало им поддержать огнем высадку десанта. Русские пехотные части не оказали немцам даже видимого сопротивления, стремительно отступив в глубь острова.