Руководство (начальник, его заместители и Коллегия);
Секретариат;
Управление нелегальной разведки.
Географические отделы:
Англо-американский;
Латинской Америки;
стран Скандинавии и Финляндии;
Германии;
Австрии и Швейцарии;
Франции и стран Бенилюкса;
Дальневосточный (Япония и Корея);
Юго-Восточной Азии;
Ближнего и Среднего Востока.
Функциональные отделы:
научно-технической разведки;
внешней контрразведки;
«Д» (активных мероприятий);
информационно-аналитический;
шифровальный.
Позднее на базе европейских направлений (английского, германского, французского и других) было создано Управление Западной Европы ПГУ МГБ.
К концу 1951 года в структуре центрального аппарата МГБ СССР за деятельность за рубежом отвечали два подразделения: Первое главное управление (внешняя разведка) и Бюро № 1 (проведение диверсий и террора за границей).
В 1952 году руководство СССР, проанализировав первые итоги «холодной войны», внесло в деятельность МГБ некоторые коррективы. В ноябре 1952 года под руководством Иосифа Сталина состоялось заседание Комиссии по реорганизации разведывательной и контрразведывательной служб МГБ СССР.
По результатам работы Комиссии 30 декабря 1952 года с подачи Иосифа Сталина было оформлено решение Бюро Президиума ЦК КПСС БП 7/12-оп об объединении 1-го (внешняя разведка) и 2-го (контрразведка) Главных управлений, Бюро № 1, Отдела «Д» (активные мероприятия), а также ряда подразделений 4-го (разыскного), 5-го (секретно-политического) и 7-го (оперативного) управлений Центрального аппарата МГБ в Главное разведывательное управление (ГРУ) МГБ СССР. Это решение было объявлено приказом МГБ № 06 от 5 января 1953 года.
Однако в связи со смертью Иосифа Сталина этот проект так и остался на бумаге и не реализовался. Штаты новых подразделений так и не были утверждены.
Смерть вождя принесла для органов госбезопасности большие перемены. На состоявшемся в тот же день, 5 марта, совместном заседании Президиума Верховного Совета СССР, Совета Министров СССР и ЦК КПСС было решено объединить МГБ и МВД в одно министерство: МВД СССР.
Приказом МВД СССР № 002 от 14 марта 1953 года была утверждена структура МВД. Согласно ей внешняя разведка вошла в МВД как 2-е Главное управление (разведка за границей). Начальником внешней разведки был назначен генерал-лейтенант Василий Степанович Рясной. Он пробыл в этой должности до 28 мая 1953 года, после чего был назначен начальником УМВД Москвы и Московской области. А исполняющим обязанности начальника внешней разведки стал полковник Александр Михайлович Коротков, до этого руководивший управлением нелегальной разведки. Главной задачей 2-го Главного управления согласно подписанному Берией 17 июня 1953 года «Положению о МВД СССР» было ведение разведывательной и контрразведывательной работы против капиталистических стран.
Поставив внешнеполитическую разведку под свой контроль, Берия провел очередную реорганизацию ее структуры. Большое количество резидентов и оперативных работников были отозваны в Москву для отчета о текущей работе. Некоторые из них были уволены, а агентурная сеть подвергнута массовой чистке. Было ликвидировано управление нелегальной разведки, а его функции и сотрудники переданы в линейные отделы. Также был ликвидирован и американский отдел, вместо которого был создан объединенный отдел США, Канады, Англии, Мексики и Аргентины со штатом в 24 человека. Что же касается управления Западной Европы, то оно было преобразовано в отдел.
Впрочем, Берия недолго находился во главе МВД. 26 июня 1953 года он был арестован, снят с должности первого заместителя председателя Совета Министров СССР и министра МВД СССР, лишен всех званий и наград, а дело о его «преступных действиях» было передано на рассмотрение Верховного Суда СССР. В тот же день Указом ПВС СССР министром внутренних дел был назначен генерал-полковник С.Н. Круглов. Арест Берии немедленно отразился и на внешней разведке. 18 июля 1953 года приказом МВД СССР № 677 новым начальником 2-го Главного управления был назначен Александр Семенович Панюшкин