Большинство судебных разбирательств о применении подпункта 3 пункта 2 статьи 40 НК РФ связаны также с тем, что налоговые органы проверяют уровень цен не только по внешнеторговым сделкам, но и по сопутствующим им сделкам. Например, в Постановлениях Федерального арбитражного суда Северо-Западного округа от 16 апреля 2003 года по делу №А56-25870/02 и от 3 марта 2006 года по делу №А56-10500/2005 суд указал на ошибочность доводов ИФНС, изложенных в кассационной жалобе о необходимости переоценки результатов сделки. Из решения суда следует, что в соответствии с пунктом 1 статьи 40 НК РФ для целей налогообложения принимается цена товаров, работ или услуг, указанная сторонами сделки и предполагается, что эта цена соответствует уровню рыночных цен. При проведении проверки и вынесении решения налоговые органы руководствовались подпунктом 3 пункта 2 статьи 40 НК РФ, согласно которому налоговые органы при осуществлении контроля за полнотой исчисления налогов вправе проверять правильность применения цен при совершении внешнеторговых сделок. Налоговый орган проверил правильность и произвел корректировку цен, примененных не при совершении внешнеторгового контракта, а при заключении договора поставки, сторонами по которому являются российские организации и который не предусматривал перемещения товаров через таможенную границу Российской Федерации. Поэтому, с учетом статьи 2 Федерального закона № 164-ФЗ указанный договор поставки не может быть признан внешнеторговой сделкой, суд обязал налоговую инспекцию возместить сумму налога на добавленную стоимость из бюджета в пользу налогоплательщика.

Взаимозависимые участники внешнеторговой сделки могут установить цену, которая не будет соответствовать уровню рыночных цен. В свою очередь, цена внешнеторговой сделки служит основой определения таможенной стоимости товара, устанавливаемой для целей обложения таможенной пошлиной. Согласно пункту 1 статьи 19 Закона Российской Федерации от 21 мая 1993 года № 5003-1 «О таможенном тарифе» (далее – Закон РФ № 5003-1) таможенной стоимостью товаров, ввозимых на таможенную территорию Российской Федерации, является стоимость сделки, то есть цена, фактически уплаченная или подлежащая уплате за эти товары с учетом дополнительно произведенных начислений к цене, указанных в статье 19.1 Закона РФ № 5003-1.

Ценой, фактически уплаченной или подлежащей уплате, является общая сумма всех платежей, осуществленных или подлежащих осуществлению покупателем непосредственно продавцу и (или) третьему лицу в пользу продавца за ввозимые товары. При этом платежи могут быть осуществлены прямо или косвенно в любой форме покупателем продавцу или третьему лицу в пользу продавца.

Статьей 66 Таможенного кодекса Таможенного союза предусмотрено, что контроль таможенной стоимости товаров осуществляется таможенным органом в рамках проведения таможенного контроля. Решением Комиссии Таможенного союза от 20 сентября 2010 года № 376 утвержден порядок осуществления контроля таможенной стоимости товаров, сред которых:

– контроль правильности выбора метода определения таможенной стоимости товаров;

– проверка правильности определения декларантом структуры заявленной таможенной стоимости товаров;

– контроль документального подтверждения заявленной таможенной стоимости товаров и всех ее компонентов;

– проверка правильности и достоверности оценки заявленной декларантом таможенной стоимости товаров с использованием системы управления рисками.

Так, в пункте 3 статьи 19 Закона РФ № 5003-1 указано, что факт взаимосвязи между продавцом и покупателем сам по себе не должен являться основанием для признания стоимости сделки неприемлемой для целей определения таможенной стоимости товаров. В этом случае должны быть проанализированы сопутствующие продаже обстоятельства. Если указанная взаимосвязь не повлияла на цену товара, стоимость сделки должна быть признана приемлемой для целей определения таможенной стоимости товаров. Если на основе информации, представленной декларантом или полученной таможенным органом иным способом, будут обнаружены признаки того, что взаимосвязь между продавцом и покупателем повлияла на стоимость сделки, то таможенный орган в письменном виде сообщает декларанту об этих признаках. Декларант имеет право доказать отсутствие влияния взаимосвязи на стоимость сделки.