Вместо Главного управления по делам мест заключения при Народном комиссариате юстиции в мае 1918 года учреждается Карательный отдел. Ему предстояло прежде всего распределить права и обязанности административных учреждений и лиц, сконструировать местное управление и дать директивы на проведение карательной политики. Также была ликвидирована тюремная инспекция.
В состав губернских комиссариатов юстиции введены Карательные отделы, которые ведали всеми местами заключения в пределах губернии. Владимирским Карательным отделом руководил В.М. Малыгин. В состав Карательных отделов входили специалисты: заведующие пенитенциарной частью, тюрьмоведы, специалисты по организации работ, агрономы, врачи. Благодаря Карательным отделам в тюрьмах было введено коллегиальное начало в управлении.
Вновь сформированным органам пришлось приводить в порядок места заключения, которые пострадали в дни революционных событий Февраля и Октября 1917 года.
На 1 июля 1919 года современный состав «тюремного населения» РСФСР составлял:
Всего срочных осужденных: мужчин – 12 546 человек, женщин – 1230, несовершеннолетних – 25 человек.
Пересыльных заключенных: мужчин – 682, женщин – 52, несовершеннолетних – 6. Общее количество заключенных (подследственных, срочных, пересыльных) составило: мужчин – 34158, женщин – 2757, несовершеннолетних – 183.
Эти данные, конечно, не совсем точны, так как получены по 182 местам заключения из 243, но приблизительную картину тюремного населения они дают. Из них мы видим, что число осужденных составляет 37 % общего числа заключенных. В трудовых земледельческих колониях на 1 июля 1919 года находилось: мужчин – 1341, женщин – 214, несовершеннолетних – 12, а всего – 1567 человек.
С первых дней советской власти принимается ряд декретов, касающихся пенитенциарной системы: Статья 36 «О действующих законах»: «По гражданским и уголовным делам суд руководствуется гражданскими и уголовными законами, действующими доныне, лишь постольку, поскольку таковые не отменены Центральным исполнительным комитетом и Советом народных комиссаров, не противоречат социалистическому правосознанию. Но не ограничиваются формальными законами, а всегда руководствуются соображениями справедливости».
«1. Освободить от суда и наказания всех совершивших до дня 1-го мая 1918 г. преступные деяния, караемые наказанием не свыше полугодового заключения в тюрьме, а также тех, которые приговорены или будут приговорены к наказаниям не свыше полугодового заключения в тюрьме за более тяжкие преступные деяния.
2. Освободить от суда и наказания всех состоящих под следствием или судом по делам, начатым упраздненными судебными и следственными установлениями, если совершенное преступное деяние карается наказанием свыше годового заключения в тюрьме.
3. От наказания освобождаются все лица, осужденные за политические деяния».
Наряду с этими законами проводится жесткая карательная политика в отношении классовых врагов. Декрет Совета народных комиссаров от 28 ноября 1917 года: «Члены руководящих учреждений партии кадетов, как партии врагов народа, подлежат аресту и преданию суду революционных трибуналов. На местные Советы возлагается обязательство особого надзора за партией кадетов ввиду ее связи с корниловской-калединской гражданской войной против революции».